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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00001312 ID=TCONS_00001312|Name=TCONS_00001312|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1956bp
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TTGAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000010:46215..68209+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00001312 ID=TCONS_00001312|Name=TCONS_00001312|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21995bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000010:46215..68209+ (Clytia hemisphaerica)
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CATTTTATGCTGATGTCATTTTTTTGGTTGATGGTATAATGATTCCTGTA
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CTTTGTATCTGTTTTAAGTCTGTTTCCGAAAAAACACTGTCTGACCCAGT
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ACATGTTTGAAAGGTTGACGAATTTGAAAGTACGCTGACACtgtctaatt
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CGAATTTGAAAGAATTAGTATTTACGTGAGCTGAGAAACTGATGATGTCA
ATAAACCTTTATAGCTATCGTGGTTAGCTTTTGCTTAGGGAAGCTTATAC
TTACACAATCATAGCTTGTGTTTTTAGCCTTGTTAGTGCAACTTTTTATG
CAATGTTAGTAGAATTTGTATGTCCTTTGAAAAAGAACTGGCTATTAATT
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TTGACGATGTGTAACCCACTCTAAGAAAGTATCGACTTGTCATATACCGA
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CAATCTTCATTTTCTATTTGTCACTTTTGTCCTTTCTTATAGTATCAGGG
CAAAATAAGACGTCAATATTTGGTTTCAAAGGAATTCTGAGCACGAGTTT
AATTTGTCCTGACGCTAAGCTGATTTACATGATTTCACTTAATAAAAGTT
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TGATAGGTGCCAGTCAGTTAGATGTCGAGATCGAtttatttcaatgcaat
ttAAACTGTTATTTCAAGTGCTTCACAGTCATCACCACATGGAATTCGAG
CAACTAAATCTGTTCTGACACGTCATACTGGCACCTCTTTTTTACCTGAC
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AGTCGTATTAGTCAATgttagattttgattttatcatATAGAGAAAAACA
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GAATTTGAACTCGATGATGGTACAATATGGGTACATAGTCTAGTTCTAGC
ATTATCTGTACCAACACTGAAGACTTTATTTCAAGACCTATCAACACTAT
ATACAGAGGATTCAAAACCTCGTGATCGATTTTCGTTAGATTTCCCTGGA
TTCGAACGATGTTCAGTTTCATTTGAGAATCAGAAACCtcgttttcattt
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GCAAATTCGTTGGACTTTAGCGAAGTAGTTCACTATCTATCAGATGATGA
GGATTGTTCAAGGCTCCTACTCAGTGCATACATACAATACATGGGTCAAC
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GACTTGGTAGAGATTCCAGCACATAGAGTGATTTTATCACAACGCAGTGA
TGTTTTTTCAGCAATGCTTTTAAATGGTGATTTTGTAGAAAGTTCAACTT
GTAAGGTAAGCTATTTCTGCACATTCAATTGCTTTTATAGTGTCTTTGCC
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TAATAAACTTTGAACTTCTCGTCTGATTATAATTGGTCTCATGTTTGAGA
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AAGCATTCTGCACCAAACTCTTGCTTGGTGATTGTTTATTAGTAGGGTAC
GGGGCAAATAACTTCTAGGATTTTCGTACATATCTTGCGTGTATAGGCAA
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CCTCAGACATGTCTGAAAAAGCATGTTAATACTTGATCGCTTTTAGCAAT
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CGTGTGCGCTGCTCGGTTACTGTGTAAAGCGGGAATACAGGTAGTGAGCA
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CAACTTAATGCTGGCAGTCCTCCCTGCTCTGTTCTggttttatgatttat
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GACTTTTTTTTAACTACAGGAGAGATTGGGGAgtatcaaaatctttgaaa
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GCCACCTGTCTGGTATTTGAAAGAACAAGATTATTATGAGAAGACCGTCC
AAAGAATGCTGACTGAGCAAAATGAGAAGCGGGAACGAAAGAAAAGGAAA
CGAATCTGTTCTGGATGTTTTTGATTTGGTTAGTTTTTTACGTGGTAACT
CCTGGTTGGTTTGATTGGTCACGTGATTACTGCTGATTGGTTGGATCGGT
CACGTGATTACTTCTGATTGGATTGATCGGTCACATGATCACTTCTGATT
GTTTGAATCGGTCACGTGATTACTTTGATTGGTTGGATCTGTCACGTGAT
CACTAATTAGCATGATTTCTTGGAGTTAAACCTTTCAATCAAATCCCCTT
TATAAGAAGTGAAAAAAAAGATCCGATAAGCGAGTAATCGCTGTAATGTA
AGTGTTTAATATGTAATCATCATTGAATTATTTGGGCAAGtttcatttgt
ctttttttggCTATGACTCTAAGATCCTTCCCAATGTTGTACTTCTTACT
GTAAAACACGTTTTTATATATAAGCATTTTCATAAGTTTAACGATgctta
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TTgggccttaaaatattcttaaaatattcttaaattttaacAGAAGGTac
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AAAAGCATAGTTGTTGCTGTTTAAACATGATATATTGATTTGAAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
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| TCONS_00001312-exon-sc0000010-1510915933:65779..65995 | TCONS_00001312-exon-sc0000010-1510915933:65779..65995 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001312-exon-sc0000010-1575043694:65779..65995 | TCONS_00001312-exon-sc0000010-1575043694:65779..65995 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001312-exon-sc0000010-1491911889:66655..68209 | TCONS_00001312-exon-sc0000010-1491911889:66655..68209 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00001312-exon-sc0000010-1575043694:66655..68209 | TCONS_00001312-exon-sc0000010-1575043694:66655..68209 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000010 | supercontig | sc0000010:46215..68209 + |
Blast
BLAST of TCONS_00001312 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RHBT2 (Rho-related BTB domain-containing protein 2 OS=Homo sapiens GN=RHOBTB2 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 139.043 bits (349), Expect = 3.433e-34 Identity = 80/194 (41.24%), Postives = 114/194 (58.76%), Query Frame = 2
Query: 41 LEQPFYADVIFLVDGIMIPVHKQVLVSQCPMMDAMFKEGVFKESMLEQVDFRDTNLESFRSVLEYLYTGECKEMSDLHGT--LQLANFLCLRHLVMICEDRIAKYI---TQMRQEENNDVYEYVIGSYILGEYHNAPQLSAWCLHFMSTNYNDLCRHQKKEMKNSLDEETLKHLEEHRWPPVWYLKEQDYYEKT 607
L + ++DV F++D I HK +L+S C M AMF G F ES +V F T+ R+VLEYLYTG DL + LAN LCL HLV + E + TQM + + DV ++ L ++H A QL+ WCLH + TNYN++CR ++MK ++ E ++ E+HRWPPVWYLKE+D+Y++
Sbjct: 494 LAKGTFSDVTFILDDGTISAHKPLLISSCDWMAAMFG-GPFVESSTREVVFPYTSKSCMRAVLEYLYTGMFTSSPDLDDMKLIILANRLCLPHLVALTEQYTVTGLMEATQMMVDIDGDVLVFLE----LAQFHCAYQLADWCLHHICTNYNNVCRKFPRDMK-AMSPENQEYFEKHRWPPVWYLKEEDHYQRA 681
The following BLAST results are available for this feature:
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