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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00001043 ID=TCONS_00001043|Name=TCONS_00001043|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=465bp
CTTTTGTAGATATTGATACCTCAATTTTCGTTTGGAGTTTAGATTAAAAT
CCATAAGATTTAATCAGTTTGCCAGCTGTATCTATgtttaaatttgattt
gaaatgaatcattgaaaataaacataaaacaGCAATAAATCGTCTTCATA
CACCGATTTTCTCTCTGgttaaattctaaaaactttatcaCAGTTCAGCA
ACCATGTATTCGTTGAAAGTCTGCATCTTTTTGGCTTTTGTTACCCTCGT
CATTTCTCAAGATTCCACTGATTCCAATGGCTCTGGTAACTTAACGTGCA
GCGAGAAATCAAACGAGTGTTGGTCGAAAGCGAAACATCTTGCAGACCGA
GTCACGTGTCAAATCGGACATGCCAAGTGTAAAGCCAAGTGCAAATATGA
GtGTGGTTTGGCCTATGATGCTTGCACCGGATTGACCGGAGCATTTATAC
ACTGTTTGTCAAAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000007:961195..969670+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00001043 ID=TCONS_00001043|Name=TCONS_00001043|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8476bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000007:961195..969670+ (Clytia hemisphaerica)
CTTTTGTAGATATTGATACCTCAATTTTCGTTTGGAGTTTAGATTAAAAT
CCATAAGATTTAATCAGTTTGCCAGCTGTATCTATgtttaaatttgattt
gaaatgaatcattgaaaataaacataaaacaGCAATAAATCGTCTTCATA
CACCGATTTTCTCTCTGgttaaattctaaaaactttatcaCAGTTCAGCA
ACCATGTATTCGTTGAAAGTCTGCATCTTTTTGGCTTTTGTTACCCTCGT
CATTTCTCAAGGTTAGGATGATATATGCTCGTTGTATGGTAGTGTTAGGG
TATATCTGTTGTGTGTTCCTTTTTGGTTGAAATGGTGGACTGTTGATGAA
AATTTCGATGAGCATGTTTCATTTTCTCGTTTTAGCTTCCACTGATGTCA
ATGGCTCTGGTAACTTGACGGTGAGTTTTGAAGAGAAATTGTGCTTGCAA
AGTGAAACTTCCGTCGATTAATGTTGGAATGAGTAATAATCAAATCGTTG
AAGTTTATGATGATTATTACGGATATGTAGAAGAGAGTTTTCAGTTTGCT
GAGCCCCCTTGAGCCGAACTCACACACTTAAACCCTTACTTTATATCATT
CATTGCTATTTTTTCTTGACACTTTAGTGCAGCGTGAAATCAAACGAGTG
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ATGCTACGTGTAGAGCCAAGTGCAAATATGAGGTAAAAGTTAACACATCT
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TTCGGCTTTGGGCAAATTTTCAATCGCAACCTCGCCTGGCCGGCAAATTT
TTGACAAAGAACGCAATCGATACTATCTCGCACATTTTTCCAAAGTTTCA
AAACACGTATTTGTTAAATTGGTACTCAAAATGAAAAGTGAAACATTTGT
GTTATGGTGTGttgtgcgcagatatgtaatttttgcgcagattatgtaat
ttctgcgcagatatgtaatttctgcgcagatatgtaattattttgcgcag
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ataaagttgatgtttgtgtttgtgtttatgtttgctttgaaagaaccgat
caccgaaagctaatatctattggtttgagagttatgaattgtgttcttat
aaagttgatgtttgtgtttgtgtttatgtttgctttgaaagaaccgatca
ccgaaagctaatatctattggtttgagagttatgaattgtgttcttataa
agttgatgcttataagaaaaataaatatttccagCTTAAGCACCatccta
tgtttgctttgaaagaaccgatcaccgaaagctaatatctattggtttga
gagttatgaattgtattcttataaagttaatgcttataagaaaaataaat
ttttccaagcactatcctatgtttgctttgatagaaccaaacgccgaaag
ccaatatcactttgataaaaagatattgacttgtttcttataaagatgat
gcttataataaaaacaacaatcgcCAAATGTTTGCCTTAGTCCAAGAACA
ATGTTCaagatattacttcttgtatgtgaaaaattaatgttaaAATTGAG
TCAGTTTTtcaatctgcgcagaaatttaattacatatctgcgcagctcaa
aattacatagttgcgcaaaataattacatatttgcgcagaaattacatat
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TATTGTGTATTCTAAAAGTacatttattttcttgtttttcagtGTGGTTT
GGCTTATGATGCTTGCATCGAAGGATTTATACCCTGTTtctcaaaatatt
caatttgtTCTAaacaatgtgaaaaataaatgatAATAAAGTTGACAAAT
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TGCTGTGTCACGTTTTATACAACAAGGCTCAGATTCAAAATTGATGGGTG
GTAGCCTTAAAAGCAGGATTCTCTTTTGCTCTCGTTTTTCGAACTTAAAA
TAATATCTCATCAATCATTAGGGAGGGGTTGTTTGATGCATTTATTTCAA
AGGTCCGctaaataaaataagaaaatgatgtAGAAGAAGAATTTTAATTA
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ttattacataaaagaaggAAATTTCCATTTCTCGGTAAATTGGATTTCAT
AACTTCCTCAAGGCTTATTCAGGTTCCATCATGGCTTCAATCAAATTTCT
GGTCTTCTTAACTTTCCTCGTGCTCACAACTTCAAAAGGTTGGTTGATCT
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CCAACACTGAAAATACCAGAACCTCGACacagacaacaacaacaaaaatt
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CGACAAAGAAAGACCTAATAGCGTTACACCGTCAAATTCGTACCCCACTC
TCATTCGGTGTATCTTGTTCTCATCTAacattactttcactttcactctc
ATTTTAGATTATGCTGATGCTGCCATTCAGTCTGACAGCCTGATTGTAAG
TGAGGTTTGTTTTATTTCCAAATCTAATACTCTTTATTGTCTTTCCAACG
ATGTATCTTGTTTTGGTTGTATAAAGACTGCCAACGATGGAGTTACAGCC
GACCCTGCTTGTTCGTACTTTCTAATAATCGAATCTTTTTATAACtcgtg
tttctttttaattccttataaccttataattcTATAATATTTCCGTTATT
CGAACATATAaggcccgggggggtactaggattgatgggtgtcgggtatg
tgcgtgccagacctctggacccttacccttagagagactgaattttggtg
aaaaggtgacccttagagagactcagtgtagaaaaacccaacccttagag
agactttttcacaaaaaatttctataatggGCCAAAGAAATTATCGAATT
GATAAAACAtgttcttttttttactttagtgtGACAAAGTCTTCAAGTTA
TGCTGGACACAGGCGAAGATGGGTACTGATAAAGTACTGTGTCAAATCCA
AGATTCCAAATGCAAAGTGAAATGTTATTATAAGGTTAGTTTACTTTATA
TATACAATTCCTTCCTATATTCATTCGCAATTCATACCAATCAATATTTC
TCACTGATGCACAGTATGTAACAGTTTTTCAAAGCTATTCCTCAATCATT
AAAAATACCCAATTAAAATTTCCCAATTAAGATTtagaattgaaattttg
aattcttatttctcttttttctttcattttagtgTGGGCTGGAGCACGAC
TCGTGCACTGGGAGTACTTTCTTCTGCTTTGCAAAGTATCACAACTGTAC
CAGCAAATGTGGAAAAATTAATGGTATCTTGTCGTGAATATGTTTATATA
AATTTAATCTAATTTTATAATATTATCTTGGAGAAAAGATCGATTAGTAC
GGAAATTAACTTTATTTGCAAcaagcttttttgttttttatgctGATCTA
TAATTTAGGGGGTAGGCAATCTAATATCAATCCATGTGTATGGAGGGCAT
CTGGTCAAATTGGTGCTTTGTTCCAAATTGCAGAATAGCTACACCAATCG
GGCCTACTCTTTTTCTAGATATGGATGTAAAGGGAAAGAAAATATTGCCT
GACATTTAAAAGCATTATCTTCCGTAAAAAATTTCTGCACGTGTCTTCAG
CGTCCAAAATATTCGAAGTCTGCCAATGTTCTTGATATTGAAGTTTAAAA
CTAAAAATGCCCTTGACATGTTTTCTTCTCGCATATTCTTCGGATTTTTA
TGCAATTTCCTTTCCTGGGttttttagagtccacaaagtcttataaaaat
attttgatcatcAAAGCCTTAATGTTCGTTAGTTCGTTCTAATacttaat
gggataaattttcgtggGGACTAAATTTCgtggttgagctcatccgcgaa
attttaagtttttgcgGGGTCTTAAATACACGGCCCTTCACACACATTAT
TGGTAGATTATATTTTCATGATTTGATATGCATTATTAGCTCTTCTTTGA
TGCAACCataaacatataaacgactggacatcaaacttctttgttttttt
ttgtataaagcgctgctagcttcgttgccgcctcgttaaaaacctaaaat
gaaacaataaattttgatgatatacctcttTGAAATACCTTGCTAATAAC
GTCAAAACCttgacaaaagtctctgttgttctacttttctcaagtctttt
atctacatcataacaaagataacagaggcaaaatcatcgtcagcttgtca
aaactccaactaaaatttctaaatttaaaaacaaaaaaaatcagagaata
tacaacatgctccatctcaccaacacaagaaaaatggtttctttttttgt
ttcatgtgaaaaaagtgagggaaatacccaaaagacacgctgggGATACG
TATCCCCAAGCCTTAtgggattcaaattatgatgTTCTTATGACGCAGAC
TCTAAACTTTGGCAAACTacttttttcaagtcaaaaaaattattggagtg
acaaaagtgattcacACCATAAATTCACACGCAgatgaaattctgcattt
cagagatGAAAGTGCTGCTAaaatcatagtccgtataaaaaatcCTGGTC
TGGAAGTTtattgttttgactttttgttagctttttcctctGTTAATAGt
gaagttaagtaaatcggtaaaacgacgacgaacgaaaatttaacaggcta
gtgagtttcaaccaatcaaattttgtattttcactagcctattacatttt
tcgtccgtcgtcgtgattatcctggtatgcttaagGCTATgcttttttcg
cgttggtgccaAAACTCgagaatattgtcggatttttcatgccaattttg
aaatacatgcGACAACGAAGCTCgtttcaaagagacaataaaagataatC
TCctgtcgtttatatgttcatgatgcaacttaatatttcaaaagtagTTA
TTTAAtaagtttttgagttttgttcaaAATCATTCCAAATAAAATGCGCG
AattttaatccccgcaaaagtttatcccattaaagtaaacaGAACGTGTA
GTGGGCTATCTCCAAAATAaagatttcttgattttcaacaTTAGCGTAAG
GGGATAAACTCTGGATTCGTGGACACTAATTCCCAAACAAACGCGCTAAT
AAGCCAAAGGAAATGAATACTTAATGTGGGGTGAAAGTCCTACGatcaaa
tttcctttctttttaagaACTGGTGGCgtattttaattaaaatttgattA
ATTTCAGTTAAAATTAGTCCGTTATAGTTATATGACACCCAATTTATTTA
TCTAGATGGTGTTTCCTTTTCacattttaaacattgaatgtTGAGAAATG
TTGACGATTTTATTGCAAATTCTTTTGTTCgaaatgatgatgatgatgat
gtttaaTCAGTATCACAGCTGTTTAAATTCATGAAATCcgatttttggtg
ttttatgACAAAAACAAGGTAATAAAAAAGGGAACAGTTTTTTGTCTCAT
TCTTTACTTTCTCCACACAACCAACAACACCATGAAGTCATTCACTATTT
TCGCTTTCTTGGCTTTTGTAGCCTTTGCTTCCGCTGACTTCGCTTTCGAA
GGTAAGATTCAGTCAAAACACGCGCGATGGTGTTTTTCACAAACTAAACC
TTCAAGTCCAGATGACATACGAGGGCCACCAACGCTCAAATAGACCGACA
TTATTTCATTCGAGCACCACAACACTAACAGAATATAAGGGGCTTACACC
GAAACACTTTCAGACCTGAAGCACCCCCTTTTCACttcaaatgttttatt
ttaactttcgcaaatttaattTTAGATATGTATGATGGTGGATCAGGTGA
TGTCAGTGTAAGTCAGCTCTTCATAATTAAgcggaattaattttggcgaa
cgttccctttttgttcaatattttagctggAAAAAGagtaaattgaaaga
aaattaaatttagcgagaacttattttggcgaatgacctatAAATNAGGG
GCTTGTACCGAAACACTTTCAGACCTGAAGCATCGCCCCCAGTTTACGTC
ACCTTATTAGAGAAGTTAACTGAGGAAAATGCGCAAATAATATTTTGGAT
CTTCTTTGTAGAACTTTTCACTTCAAGagcccccagcggaccctcaattc
acgcaatcacacaATTTTTCCTCGAGTTTTACGCAATAACCCAATATTGG
TGAAGAATACAACATGGGAACATGAATGGTGTAATAAATTATCATGGTAA
TGTGATGACGTATTCCTTATTTCCTGTCTTGAAAATAGTAAATAAGAAAA
ATTGAGCCAAATACAGTAAAAGTAATATCTGGTAATATCGATTAATTAAA
AAACTGTTACTAATGGTATCATTTCCTTTTATAGATATTATTACCTCAAT
TTTCGTTTGGAGTTTAgattaaaattcataaaatttaatCAGTTTGCCAG
CTGTCAACCTCGTACCCAGGGCGATAAGCTTTCTGATATTAGATAGGACG
CTTAGACGTAACAGTGAGCTTCCTATTTGCCTCTCATCTAGACTAGCAAC
TATATTTTCCCGCGCGGCCGCTGACTGTTCGCCATGGAATCGAGGTTGGC
CAGCTGTATCTATGTTTGAATGTTTTATGAAATGAAcccggggggcactc
gatctgaaaacgaccatacgttcggcccaaaatttggcttctaaaatcgg
acccttacagtgcagtgaatttccatgaaaaatcatacccttacagtgca
ctttttcaaaatttctcgcccgtaagggcgaatttttgcacttttccaag
aaaatgtggaatttttcctccaaaattgaccaattttgtgccaatttacc
aaaaaattggccttttatcacaatttcctacccttacagtgcagatcagt
gcagttttgtaatttcctacccttacagtgcagatcagtgcagttttgta
atttcctacccttacagtgcagatcagtgcagttttgtaatttcctaccc
ttacagtgcagatcagtgcagttttgtaatttcctacccttacagtgcag
atcagtgcagttttgtaatttcctacccttacagtgcactagctgaacta
tgaaaaaacctacccttaagggccgatcGGCTGGTAGGTCATTTTCCTtg
agggcccccccccccctccccggggaaatgaatcattaaaaataaacata
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ATCTTTTTGGCTTTTGTTACCCTCGTCATTTCTCAGGTTAGGATGATATA
TGCTCGTTGTATGTTAGTGTATACAGATACTTATTGTGCGTTTCTTTTTG
GTTGTGGTAGTTGAAAAGCTGGACTGAAATTTCGATGAGCATGTTTCATT
TTCTCGTTTTAGATTCCACTGATTCCAATGGCTCTGGTAACTTAACGGTG
AGTTTTGAAGAGAAATTCTCCTTGCAAAGTGAAACTTCCGTCGATTAATG
TTGGAATGACTAATAATCAAAATCGTTGAAGTTTGTGATGATTATTACGG
ATATGTAGAAGAGAGTTTTCAGTTCGTTGAGCCCCCCTGAGCCGAACTTA
CACACTTAAACCCTTACTTTATATCATTCATTGCTATTTTTTCTTGACAC
TTATTAGTGCAGCGAGAAATCAAACGAGTGTTGGTCGAAAGCGAAACATC
TTGCAGACCGAGTCACGTGTCAAATCGGACATGCCAAGTGTAAAGCCAAG
TGCAAATATGAGGTAAATGTTAACAGCTCTCTAAATACAAGATTTTTATG
AGTCCATTTGACAGTCATAACTCAAAAAAAGTTCGActttggtcaaattt
tcaattgcAACATCGCCTGGCCGGCAAATTTTTGACCAAGAACGCAATCG
ATACTATCTCGCACCTTTTTCCAAAGTTTCAAAACACGTATTTgttaaaa
tgaaagtgaaacaTGGGTGTTATGGTGTATTCTAAAGGTAcattcttttt
cttgtttttcagtGTGGTTTGGCCTATGATGCTTGCACCGGATTGACCGG
AGCATTTATACACTGTTTGTCAAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:961195..961455 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:961195..961455 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:961195..961455 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:961195..961455 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:961195..961455 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:961195..961455 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969007..969041 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969007..969041 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969007..969041 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969007..969041 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969007..969041 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969007..969041 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969252..969356 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969252..969356 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969252..969356 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969252..969356 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969252..969356 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969252..969356 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969607..969670 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1491911889:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969607..969670 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1510915933:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969607..969670 | TCONS_00001043-exon-sc0000007-1575043694:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000007 | supercontig | sc0000007:961195..969670 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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