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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00001041 ID=TCONS_00001041|Name=TCONS_00001041|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=230bp
GTTTGATTAAAAAACGGTTACTAATGCTTCCACTGATGTCAATGGCTCTG
GTAACTTGACGTGCAGCGTGAAATCAAACGAGTGTTGGTCGAAAGCGAAA
CATCTCCCAGACCGAGTCACGTGTCAAATCGGACATGCTACGTGTAGAGC
CAAGTGCAAATATGAGtGTGGTTTGGCCTATGATGCTTGCACCGGATTGA
CCGGAGCATTTATACACTGTTTGTCAAAAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000007:961159..969670+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00001041 ID=TCONS_00001041|Name=TCONS_00001041|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8512bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000007:961159..969670+ (Clytia hemisphaerica)
GTTTGATTAAAAAACGGTTACTAATGGTATAATTTACTTTTGTAGATATT
GATACCTCAATTTTCGTTTGGAGTTTAGATTAAAATCCATAAGATTTAAT
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TGTTTCATTTTCTCGTTTTAGCTTCCACTGATGTCAATGGCTCTGGTAAC
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CGAACTCACACACTTAAACCCTTACTTTATATCATTCATTGCTATTTTTT
CTTGACACTTTAGTGCAGCGTGAAATCAAACGAGTGTTGGTCGAAAGCGA
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atctattggtttgagagttatgaattgtgttcttataaagttgatgtttg
tgtttgtgtttatgtttgctttgaaagaaccgatcaccgaaagctaatat
ctattggtttgagagttatgaattgtgttcttataaagttgatgcttata
agaaaaataaatatttccagCTTAAGCACCatcctatgtttgctttgaaa
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attcttataaagttaatgcttataagaaaaataaatttttccaagcacta
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GCATCGAAGGATTTATACCCTGTTtctcaaaatattcaatttgtTCTAaa
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TCCTCGTGCTCACAACTTCAAAAGGTTGGTTGATCTTGTCAGTAACCTTG
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TTGTTCTCATCTAacattactttcactttcactctcATTTTAGATTATGC
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GTACTTTCTAATAATCGAATCTTTTTATAACtcgtgtttctttttaattc
cttataaccttataattcTATAATATTTCCGTTATTCGAACATATAaggc
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ctggacccttacccttagagagactgaattttggtgaaaaggtgaccctt
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CTATATTCATTCGCAATTCATACCAATCAATATTTCTCACTGATGCACAG
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ttttttctttcattttagtgTGGGCTGGAGCACGACTCGTGCACTGGGAG
TACTTTCTTCTGCTTTGCAAAGTATCACAACTGTACCAGCAAATGTGGAA
AAATTAATGGTATCTTGTCGTGAATATGTTTATATAAATTTAATCTAATT
TTATAATATTATCTTGGAGAAAAGATCGATTAGTACGGAAATTAACTTTA
TTTGCAAcaagcttttttgttttttatgctGATCTATAATTTAGGGGGTA
GGCAATCTAATATCAATCCATGTGTATGGAGGGCATCTGGTCAAATTGGT
GCTTTGTTCCAAATTGCAGAATAGCTACACCAATCGGGCCTACTCTTTTT
CTAGATATGGATGTAAAGGGAAAGAAAATATTGCCTGACATTTAAAAGCA
TTATCTTCCGTAAAAAATTTCTGCACGTGTCTTCAGCGTCCAAAATATTC
GAAGTCTGCCAATGTTCTTGATATTGAAGTTTAAAACTAAAAATGCCCTT
GACATGTTTTCTTCTCGCATATTCTTCGGATTTTTATGCAATTTCCTTTC
CTGGGttttttagagtccacaaagtcttataaaaatattttgatcatcAA
AGCCTTAATGTTCGTTAGTTCGTTCTAATacttaatgggataaattttcg
tggGGACTAAATTTCgtggttgagctcatccgcgaaattttaagtttttg
cgGGGTCTTAAATACACGGCCCTTCACACACATTATTGGTAGATTATATT
TTCATGATTTGATATGCATTATTAGCTCTTCTTTGATGCAACCataaaca
tataaacgactggacatcaaacttctttgtttttttttgtataaagcgct
gctagcttcgttgccgcctcgttaaaaacctaaaatgaaacaataaattt
tgatgatatacctcttTGAAATACCTTGCTAATAACGTCAAAACCttgac
aaaagtctctgttgttctacttttctcaagtcttttatctacatcataac
aaagataacagaggcaaaatcatcgtcagcttgtcaaaactccaactaaa
atttctaaatttaaaaacaaaaaaaatcagagaatatacaacatgctcca
tctcaccaacacaagaaaaatggtttctttttttgtttcatgtgaaaaaa
gtgagggaaatacccaaaagacacgctgggGATACGTATCCCCAAGCCTT
AtgggattcaaattatgatgTTCTTATGACGCAGACTCTAAACTTTGGCA
AACTacttttttcaagtcaaaaaaattattggagtgacaaaagtgattca
cACCATAAATTCACACGCAgatgaaattctgcatttcagagatGAAAGTG
CTGCTAaaatcatagtccgtataaaaaatcCTGGTCTGGAAGTTtattgt
tttgactttttgttagctttttcctctGTTAATAGtgaagttaagtaaat
cggtaaaacgacgacgaacgaaaatttaacaggctagtgagtttcaacca
atcaaattttgtattttcactagcctattacatttttcgtccgtcgtcgt
gattatcctggtatgcttaagGCTATgcttttttcgcgttggtgccaAAA
CTCgagaatattgtcggatttttcatgccaattttgaaatacatgcGACA
ACGAAGCTCgtttcaaagagacaataaaagataatCTCctgtcgtttata
tgttcatgatgcaacttaatatttcaaaagtagTTATTTAAtaagttttt
gagttttgttcaaAATCATTCCAAATAAAATGCGCGAattttaatccccg
caaaagtttatcccattaaagtaaacaGAACGTGTAGTGGGCTATCTCCA
AAATAaagatttcttgattttcaacaTTAGCGTAAGGGGATAAACTCTGG
ATTCGTGGACACTAATTCCCAAACAAACGCGCTAATAAGCCAAAGGAAAT
GAATACTTAATGTGGGGTGAAAGTCCTACGatcaaatttcctttcttttt
aagaACTGGTGGCgtattttaattaaaatttgattAATTTCAGTTAAAAT
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CCTTTTCacattttaaacattgaatgtTGAGAAATGTTGACGATTTTATT
GCAAATTCTTTTGTTCgaaatgatgatgatgatgatgtttaaTCAGTATC
ACAGCTGTTTAAATTCATGAAATCcgatttttggtgttttatgACAAAAA
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ACACAACCAACAACACCATGAAGTCATTCACTATTTTCGCTTTCTTGGCT
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AAAACACGCGCGATGGTGTTTTTCACAAACTAAACCTTCAAGTCCAGATG
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CACCACAACACTAACAGAATATAAGGGGCTTACACCGAAACACTTTCAGA
CCTGAAGCACCCCCTTTTCACttcaaatgttttattttaactttcgcaaa
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AGCTCTTCATAATTAAgcggaattaattttggcgaacgttccctttttgt
tcaatattttagctggAAAAAGagtaaattgaaagaaaattaaatttagc
gagaacttattttggcgaatgacctatAAATNAGGGGCTTGTACCGAAAC
ACTTTCAGACCTGAAGCATCGCCCCCAGTTTACGTCACCTTATTAGAGAA
GTTAACTGAGGAAAATGCGCAAATAATATTTTGGATCTTCTTTGTAGAAC
TTTTCACTTCAAGagcccccagcggaccctcaattcacgcaatcacacaA
TTTTTCCTCGAGTTTTACGCAATAACCCAATATTGGTGAAGAATACAACA
TGGGAACATGAATGGTGTAATAAATTATCATGGTAATGTGATGACGTATT
CCTTATTTCCTGTCTTGAAAATAGTAAATAAGAAAAATTGAGCCAAATAC
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GGTATCATTTCCTTTTATAGATATTATTACCTCAATTTTCGTTTGGAGTT
TAgattaaaattcataaaatttaatCAGTTTGCCAGCTGTCAACCTCGTA
CCCAGGGCGATAAGCTTTCTGATATTAGATAGGACGCTTAGACGTAACAG
TGAGCTTCCTATTTGCCTCTCATCTAGACTAGCAACTATATTTTCCCGCG
CGGCCGCTGACTGTTCGCCATGGAATCGAGGTTGGCCAGCTGTATCTATG
TTTGAATGTTTTATGAAATGAAcccggggggcactcgatctgaaaacgac
catacgttcggcccaaaatttggcttctaaaatcggacccttacagtgca
gtgaatttccatgaaaaatcatacccttacagtgcactttttcaaaattt
ctcgcccgtaagggcgaatttttgcacttttccaagaaaatgtggaattt
ttcctccaaaattgaccaattttgtgccaatttaccaaaaaattggcctt
ttatcacaatttcctacccttacagtgcagatcagtgcagttttgtaatt
tcctacccttacagtgcagatcagtgcagttttgtaatttcctaccctta
cagtgcagatcagtgcagttttgtaatttcctacccttacagtgcagatc
agtgcagttttgtaatttcctacccttacagtgcagatcagtgcagtttt
gtaatttcctacccttacagtgcactagctgaactatgaaaaaacctacc
cttaagggccgatcGGCTGGTAGGTCATTTTCCTtgagggcccccccccc
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CGTCTTCAAACACAAACATTTTCTCTCTGGtgaaattctaaaaactttat
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TGTTACCCTCGTCATTTCTCAGGTTAGGATGATATATGCTCGTTGTATGT
TAGTGTATACAGATACTTATTGTGCGTTTCTTTTTGGTTGTGGTAGTTGA
AAAGCTGGACTGAAATTTCGATGAGCATGTTTCATTTTCTCGTTTTAGAT
TCCACTGATTCCAATGGCTCTGGTAACTTAACGGTGAGTTTTGAAGAGAA
ATTCTCCTTGCAAAGTGAAACTTCCGTCGATTAATGTTGGAATGACTAAT
AATCAAAATCGTTGAAGTTTGTGATGATTATTACGGATATGTAGAAGAGA
GTTTTCAGTTCGTTGAGCCCCCCTGAGCCGAACTTACACACTTAAACCCT
TACTTTATATCATTCATTGCTATTTTTTCTTGACACTTATTAGTGCAGCG
AGAAATCAAACGAGTGTTGGTCGAAAGCGAAACATCTTGCAGACCGAGTC
ACGTGTCAAATCGGACATGCCAAGTGTAAAGCCAAGTGCAAATATGAGGT
AAATGTTAACAGCTCTCTAAATACAAGATTTTTATGAGTCCATTTGACAG
TCATAACTCAAAAAAAGTTCGActttggtcaaattttcaattgcAACATC
GCCTGGCCGGCAAATTTTTGACCAAGAACGCAATCGATACTATCTCGCAC
CTTTTTCCAAAGTTTCAAAACACGTATTTgttaaaatgaaagtgaaacaT
GGGTGTTATGGTGTATTCTAAAGGTAcattctttttcttgtttttcagtG
TGGTTTGGCCTATGATGCTTGCACCGGATTGACCGGAGCATTTATACACT
GTTTGTCAAAAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961159..961184 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961159..961184 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961159..961184 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961159..961184 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961159..961184 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961159..961184 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961580..961614 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961580..961614 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961580..961614 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961580..961614 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961580..961614 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961580..961614 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961822..961926 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:961822..961926 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961822..961926 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:961822..961926 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961822..961926 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:961822..961926 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:969607..969670 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1491911889:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:969607..969670 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1510915933:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:969607..969670 | TCONS_00001041-exon-sc0000007-1575043694:969607..969670 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000007 | supercontig | sc0000007:961159..969670 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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