TCONS_00000555 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00000555
Unique NameTCONS_00000555
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1183

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00000555 ID=TCONS_00000555|Name=TCONS_00000555|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1183bp
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CACTGGCATCGAACATAAAGCTGTAGATTTTTACAACGGAGATCGTTAAA
CCAGAGATCAGAAATTTTGATACTtcgtataca
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000002:503549..515349-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00000555 ID=TCONS_00000555|Name=TCONS_00000555|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11801bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000002:503549..515349- (Clytia hemisphaerica)
CGATTATACCATTTTATATCATGTTGGTGCTAAAACAGACAAATACAAAT GTATCCAGTCTATCGATATTACGTGTACTGAGGCTAGTTCGTGTTTTCCG TATTTTCAAATTATCAAGATACAGCAAAGGCTTGAAGATACTTGGTTACA CATTTAGGGTAAGCCCCACCTTATTTTTTCTCTAGGGTCCCATAAAGTTT CAGACGTTAGTTTTTAAATCCATGTTTGTTTATGATTAAAGCTTATACGG ACAAAGTTTTTTTGTTTACATTTGATTTAGAGATTTTTAAATGCGCTCTC AGTATAATTAAGTTTTCTCCTTTTTAAAAAGAGATTTGATCTCTCTATCA TCCTATTTGCTGCTTTTTTGTTAAAAAAGACTTTATTTGAAAGATCTAGC TTTAAACTCAACATGATTTTTTGAGATAGCTATCTTAAGGATTAAGAAAA ATGTCGTCAATTTTTTTTGAGATTGACAGCCTCAAATGGCTCATTCGATT GTCAGAATATAAATTTGTTTTCCAATCTACATGAGTACCTACTCGATAAA ATCTATCTACACAATCTTTACTTTATATCAAGATTTAAATCAATGATTGA AACACTCTAGTATTTTGTGTTCAAATGTTTTTTGTGGGGTTTTGATTTAG ATTATGGTAGGGCTTAAGTATCCTTAGTACTGATCCCTCTTGAGGCTACT TTTGACGTAGATTCAAGTTTGTTCCACTTCAAATTTTTCTTCTTAAATCT GTTTTAAATCCTTTTATTTGACTAATAACCAAAGTGCCCGGGATCGTAGA TTTTTTAGTACATTTACTTTTCACAAAGTATTCTCAAAACTACTTAAAAA CCTGGTAACAAACACTTTTTCTTTTTCATTTATGTTTCTTTTATAAAACA ATAGAAAAACAATGCGTACCTATTGTTTGAAAATAAAATCAAAAATGTAT 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CATCCAAAAATTTTGAAGCCTTAGGATGTTCATAGCTTTTTGAGTTTTTA GCCTAAAAATGTTCTTAACATGTTCTTGTTTTCACCATTTTTTGAGTATT TTTGTGCGCGTTTTTCTTAAGAAATTCGGTGTTTTAGAGTCCTTAAAGCT TTAAAATGTCTTAACTTGTTCTTAACAATTTGGCCATTGAAGGCTTATGT TCTTATATAGTTTGTTCTTATTAAAAAAAAACGTGTACCTTTTCATACTA GTTTGAGATTTTCAGCTTGTTAAATTGAGTTAAATTTCATTCGCTTTAAA AGTGTGCACTAATTCTTATTTTGCTTAAAATTTTCATAAACGTTCTATCG TTGAAAAGATATTTTCAATTTTTCAATAAAGAAATTAAATTTATATCCTT TTATGATAATAACTTTTTGATACAGAGGTACTTTGAACCTTGAGGATTCC ATAAATGCAATAATTTTTCCACAGCTTTGTATTGTTAAAAGCTTAGAAAG TTACATACAGCATGCTTATTCATCTTCTTTATTGATTGAAATCTTTTGAA GTATGTCGTCTTTCTAATGAAAAAAAGCATATGCAAGGTATATCAATACA CCCGCCCTTCTCACAGACTCAGTAAAATAACGGACCAAAACTCGATGGGG ATTTATATTCCCATATTTTGTATAGCTGGAGATTCATATTCTTTTGTTTT CAAGTCAGAAAATTGTGTGGGGATGGGAAAAATTGCATAATATTTTTGGT TTATTTGATTATTTTTGGTGAGAACAAAAATTTAAGTATAATTTTCCACT GGGGACAATATTTTGGCCAATTTTTCCAGTGGGAAGGGGTCCCAGTGGGT CTGTGAGAAGGGGTATATCAATTGGGCTGTTCTAGAAAAATTTTTAATTG GTGAGGTCATATTTTACAACAAGATACAGTACAAAGAACTTCATTACAAA TCTGTCTAACATGTAGTCTACTTTGAGATAAGATCTCACTGCTTTTGGCT TGTCACGCAACAGAAAAAAAAATCGTCTCATAGTTCACCAACACTTCAAG TGTAGTCGAAATTTCTCTTGTCTGTTTTAAATATCCCCGTGACATGTATG TCTTTGTTAGATAAACTCTTTTCGACCATCCACCCCCAGGGTGTGCTATA CATTCAAATTCTCCTTTGCTTCTCAATGTTAAAGACAGTTTTGTGATTTA TTGTATTTCATTTCAGGTAACTGTATTATAAGACTAAGCTATAAAAGTAA TTGAAACTTAACACTTAACAGACCTTTATAATTTAACTTGACCAACTTGT TCTCTGCTTATGAGCTTGTAAAGTCAAAATTCACTTTTCTAAAAGTGTAA AAAACACGTAAAAAAGAGGTATCAAATTTGGTATTTTTAGACGTTTTTGA TATACAGTTTTTGAAAAAAATCTATGAAAGCGCCAGTTTTTATAAAAACT AGTCTAGTTTTAAACAAAAATTACTTTCAAAGGTGTTTTTATTAATTATT AATGTCATAAAACTCGTTAAATAAGTCAATTTGTAATGATTTTCTAATTG ATTGCATGAATTTAATACCTCTTTTTTACGTGTTTTTTACACTTTTAGAA AAGTGAATTTTGACTTTAAAAGCTCAAAAGTAGAGAACAAGTTGGTCAAA TTTAAAAAGTGATGGCTAAAATTTTAAGTTAGGATATTTACTTTCTAAAT ATCAAAACTCCAAGCACTTTGGGACATTTGTTCGGCCTCAGGACGTCGGG AAACGTCTGAACTTTTTCGTGGGTCACCCGATATGTTTTTATATTTGATT TAAGCTTTTAAAAGAAATTCTATATGTACTAGGATATACCCTACGCATTT TCTTGACTTTGACAGCTCCTACGTTTGGTTATTTCAATTGCTTTTCTTAT AATTAAAGAAATACACATTGCAAACCTTATCATTGAATTTATTATTGTTA AACTGAGACGATTTCATGTAGGTCTGTCTTCTTAAGAAATTATTAAAAAA AGAGGCGGGTATCATTAAAATGATTGGCATCTTTTAATATGGGAAATCGG AAAAAAAATATCAGTTTTTCTTCAGCAAAGCCTCGATGTTGAGATTCGGA AGCATTTGTATTTTTTGTGTTGATAAGTCTTTTTTGTAATCAATTCATGA AATGAATGACATAGACAGTCTCTTGGTGATATATTTTCCTGTCGTCATCA AATTTTTCTTGGTTTAGAAAAATACAAGTGTTGTATTAAATTCATTTTCC CTTAAATCCGGTGAAACGCTTTATCAAGCTCATGTTAATGCTCAGTTACA ATTCTGAAAAGACTTGTTTTAATTAAGTGACTTTCAAATTGAAATAAAGT CGTTGCTTGAATTCTGCAGTTGAACTTTGAGTTGAAGATGGTTAAGGTGT CTCGTTTTCAAGACATCTCGGATATTTCATGACGTCACTATATACCTAAC AAATCTCAGATACTTAGAATCACGGATATTCACTTAAAAATTGGTCAGCT CGCTCGGATGTATTGTCTGATTTGAAAAGTCATATCATATTATATCGCCT CATCCGCACGAGCTTCCCCTATTTTCAAATGTATAAGCTTAAAAGCCAGT TGGCACTCTTTTTTGTAAGAACAAGGAATGGATTGGCAGTTTTTTGAGAC TTTGAGCCACAATTGGGGTTTACCATATACACACCCCCTTCTCACAGACC CAGTAAAATTTTTTCATTCATTGGGGGTAAAAATAACGGACTGAAACTCG ATGGGGATCGATATTCCCTTATTTTTAATGACTGGGGATTTAAATTCTTT TGTTTTATAAGTCAGTAAATTCAGTGGGGATGGTAAAAATAACATAATAT TTTGTAGTGAGGATTGGTTTATTTGATTATTTTCAATGGGGACAAAAATT GGTGTATAATTTTCCACCGGGGACGATTTTTTGTCCAGTGGGAAGGGTTC CCAGTGGGTCTGTGAGAAGTGGGTGTATATACTATTTAAGGGTAAATGAA GAATTTTATTTTAACTTTACCCTTCATTTACTTGAAAAATGAAGCCGTTC TTGACTTGGGTTGTTGTTCAATTTCTTTAGTACATCGTTAATTAGTCATA TGCTAGATTGGATGATTGCAGTAAGCTTTTGCTCAGGATTCTCTCCGAAT TAAGATCATAATGACCAATAATTGGCTTCTTACAAAAACTGTTCATTACA TCATACTTTGAAGATGGAGCAGTAATGCTCTCCTATTCTTTAGAAGGGAA TAAAATGTTACATAACCAATATTCGTTTTAAGAAGGCTCGTCTTATGACA TTGGCTCAATATTCGTGACGTTCATGACGTAATGTTTTATACGGAAGCAC CGTAAAAGACCGGGTGTTTGCCACTAATTCTGAATTTGTACAATAAAACT AGTGGCAAACGCCCGGGCAATTTAGCGTATAAAACATTACGTCATGAATA TCATCAAATGGAATACTATGATGTTTCTATCTCATTTGACCTTGTTCTTT GAACTAAACTGATCCAAACTCCATATAGTCAAGTTATCATAGTGAAGGCT GTTTTGTATGAATGCAATTATGTGTATTTTTGAAGCGTGACCATCAAAAT ATTGTATTTCTTGTGAAGGTCAAATTATTTGACTCTGACACAGCCAAGTT TAAGTGGGGTGTCTTAAAATCGAAATACCGTCCAGACTTTGGGAATATAC CCTATTACACAAGTTATTAAACGCGAATCGGTTACCCTCGCTTTAATTAC AACCGTTTAACAAAGTGTGAGCCGTGGTAATTTTCGAAAACTCTTGCACC TTAATAAATTGTAGCATTCATTTTTCCCGCGTTAAATACCTGATTAGTAA GTGTAATAAGGTAATTTTCCTTTCTAAATATTCCTCAGAGCGATAATGTA ACTGTAAGTGATAAACTATATAATAGTTGATATAGAAGATTCTTTTAGTT CGGGGATGCTTTTTTAGTTTACTTCGTGTCTATGTGTCTTAACGCCGTTA AAGTTTAACACATTCACTTTTTGCAACCAAAGTCTTCCGCAAAACCTGTG GAAAAATTGAAATATTGGCAGACCTACCTAATCGAAGTAACGAAAGTGCC AAATGAATTTCAAATTTAGAAATTTGAAAAGAAGTAAAAAATTTCAAATT TCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTT GAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGA AAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTA CTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTT GATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAA AATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAA TTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAA TACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTC ATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATT TTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATT TGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTG AAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACA AAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTT TAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCA AATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAA AAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAA TTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAA AATTTTGATTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAA TTTCAAAATTTGAAAAATGAAAAATACAAAAAAATTTTGATTTTCAAATT TTGAAATTTGAAAATTTTTACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAATC AAAATTTTTTTGTATTTTTCATTTTTCAAATTTTGAAATTTGAAAATTTT TACTTCATTTTAAATTTCAAAATTTGAAAATCATTTGGCACTTTCGTTAC TTCGATTCTACCTATCGAAACACTCTCCAAAACATTGAAAATTCAAGCGC TCGCGCGTCGCGCTGTTAGTACTTGTTTATTATTGCAAGAAACATTTCAA TAAATGTTGAATGGAAGTTAACATTGATTATTTTTGTCTCTCTGTCTCTC TAGAATATCATTAATAATAAGGAAAAATTCGTTTTAAATGTTAATCCATG TTCTAATTGTTTGATTCATAAAGAGATGTACAAGTTCACATGTTTCTTAT TCACAGTTGCAACTGTGAGGGCACAGCTTCTTTTCGGCTGGCCTAACCTA CCCAAAAGGTTTTGAAAAGCATTAGTTAAACAAACTTTGTCAATCTTTAC GTCATGATATTATAATATGTCATTTATTTCATTTTTCTTGTAAGCTTGTA AATGACTACCCTTTTGGTCAGTTTTTTTTCAATGCTCGATGCACGTTATT TCAAATTCTTTACTGTACTTCCCAGCCCAGGGGGGGAGACTCGACTCAAA GACGACCTTATGTGCGGTTCAAAATTAGGCCTTTGGAATAGGACCCTTAC AGTGCAAAAAGAAAATGTGGCTAAATTTGAGTCAATTTGGGCGAAAAATT GACCCTTACGGTGTGTTTTTTTGAAATTTTTCGACCATATTAAGAGGTCG ATGTCTAAGTAGAAGACAAACTGAATTTTCAATCAACCATAAATTCTAGT TCACCTAGGCCGTTTAACTTGTACAGAATATACCCAATTAAATTCTTCTT AAAGCGACCGTAGTGCAGTGGTAGAGCATCCGGCTACGGTTCACAAGGTT GTGGGTTCAATCCCCAGCCGGATCATACCAAAGATTCCCAAAATGGTACT TGATGCCTCTCTGTAAGTGGAGCAATCCAGGGAGAAAGAGTGGCGCCCTC CCCTACCTTCGGGTAGATAGCTATCGAAAGAGGAGCGGTCACAGACTTAC TTACTACATTCTTCTTCAACTATTACGATCTCATTAGAAATCTCTTCTAG ATATTCTGAACCACTTTTTTCATTCTTTACCTTTTACAGGCCAGTTTGCA AGAGTTGGGTCTTCTGGCGTTCTTCTTACTAATTGGCATCATTTTATTTG CATCGGCTGCTTACTATTGTGAAGAACAAGTCAAAGACACCAAATTTCGA AGTATCATTCATGGCTTCTGGTGGGCTATTGTTACTATGACAACTGTTGG TTATGGTGATATGACGCCTGAAACACTAGGTAATTCACGTGGACAGTTCT TACCACATACATGGCATGGTGTTTTTTTTCACTTTTAAAGGCCGGTCTCC ACTTGCGCGCGTTGCGATCGCACTTTTTGGCTTCAATCCTTTTTGCTGGG AAAAAATAGATTACGTCATAAAAATGTAGCGCGCGCTCGAAAAAATAGTT GAACACATTTCAACTTTTTTCAACCGTTACGTCAGATCGTGCCATTTTTC ATTTGACCAATAGCGTGGAAGCTTTACTCGAAAAAGTGCGATCGAAGCAC GCGCAAGTGGAGACTAGCCTTAAAGCTAAAGTAAGTTATTCGGGAAAGCT TCTTACTATTTTATCTATATACACGTTTTCTTATAAGAACATCTAAAATC TTTGAAGCCTTTCTAAACTCTTTTTAGTTTTAGGCCTAAAGTGTTTTTTT AAATGTTTCTATTTTCACCATTTTTGTGAAAGTTTTGTGCCATTTCCTGA AGAAATTTGGTGTTTTAGGGTCCTTGAAGCCTTAAAAAGTCATTGTTAAC TGAAGGGACTATTGACCTTGTTCGAGTTAAAAAGGCATTCGAGTTATAAA GGTTTGAGCTTAAGAGAATCTACTATAGTAAGAAAAATTGTGATTGTAAT TCGTTTTCCACATTGATAACAATATTCTACCATAAAATATACATTATATA TCTTTTCATATTTCAGGTGGTCAACTCGTGGGTTCATTCTGTGTGTTGGT TGGTGTCTTAGCTATTGCATTCCCAGTACCTGTCATTGTCAACAATTTCA CATATTATTACACGCNGCTCCCAAAATCTGAACAAATTTTTACAAAATTT CTGAAATTTCATTTAAAACTTGGCTCGGGGTGAATCATAAGCATGATTCT TAAGCATATAATAAGCATAAATTATTCATGGATGCTTTGAGAACTTAAGC ATACACGAGCCTGACCAAGGGGCATACACTTGCTTATAAAAAAAAAAACA TGTATAATAAAAGATAGCAATAGCCACAGTCTAAACTAAACGTGACAAAT GTTAATTATTATAGATTATTTTCACAACATTAGTGTGCGGATCAACANGA ATCCGATTTAAATCCCGATATTAATCGGAATGAGACTTGTAAGAGTCGGA AGAAAAGTGGTGCAAATGGTTTATTAAGCCTGCAAGATGACGACGAGGAT GAAATTCATTACGATCTTGAATCACCAGTGTGAGAGGTTAACTGATAGAG TGTGTTTTTGACCCTCCTCCTGCTACTATGAAAGGTGGCTGGAAAGGTGC TCCATAATTGGAAAGAACCTGTCTGATGAAATAATGGTCGAAATCCTGCT TTAAAGCTGTTAAAAAATCTACCGACAAAACATCATGGATACTATGAATA TGAAGAAGAATCGAGTTCCACCATCCATGATTTGAATCATAGCCAGTTCT TGAAGTTTTCTTTACCATCACTGGCATCGAACATAAAGCTGTAGATTTTT ACAACGGAGATCGTTAAACCAGAGATCAGAAATTTTGATACTTCGTATAC A
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000329XLOC_000329Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:515192..515349TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:515192..515349Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:505071..505260TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:505071..505260Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:503549..504383TCONS_00000555-exon-sc0000002-1575043694:503549..504383Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:515192..515349TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:515192..515349Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:505071..505260TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:505071..505260Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:503549..504383TCONS_00000555-exon-sc0000002-1510915933:503549..504383Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:515192..515349TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:515192..515349Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:505071..505260TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:505071..505260Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:503549..504383TCONS_00000555-exon-sc0000002-1491911889:503549..504383Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000002supercontigsc0000002:503549..515349 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0 0.215 0.496851 1.01172 0 0 0 0 3.3333 2.09791 0 0.51306 0.404908 2.66606 1.77493 2.38388 0.550082 0.966755 3.1335e-05 0 0 0 0.218583 0.219266 0.291705 0 0 0 0 0
Blast
BLAST of TCONS_00000555 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNA2 (Potassium voltage-gated channel subfamily A member 2 OS=Homo sapiens GN=KCNA2 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 129.413 bits (324), Expect = 5.263e-33
Identity = 72/120 (60.00%), Postives = 94/120 (78.33%), Query Frame = 3
Query:  108 KLSRYSKGLKILGYTFRASLQEXXXXXXXXXXXXXXXXSAAYYCEEQVKDTKFRSIIHGFWWAIVTMTTVGYGDMTPETLGGQLVGSFCVLVGVLAIAFPVPVIVNNFTYYYTXLPKSEQ 467
            KLSR+SKGL+ILG T +AS++ELGLL FFL IG+ILF+SA Y+ E   ++++F SI   FWWA+V+MTTVGYGDM P T+GG++VGS C + GVL IA PVPVIV+NF Y+Y    + E+
Sbjct:  306 KLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFAEADERESQFPSIPDAFWWAVVSMTTVGYGDMVPTTIGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVIVSNFNYFYHRETEGEE 425          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00000555 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
KCNA25.263e-3360.00Potassium voltage-gated channel subfamily A member... [more]
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