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TCONS_00000187 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00000187
Unique NameTCONS_00000187
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length425

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00000187 ID=TCONS_00000187|Name=TCONS_00000187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=425bp
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TTGTTATCTCCATAATAAATGCCATTACAGCGGTGATTTTCACAACAAAG
ATATAGACACGATTTGATGGACGGTACAAAATATTGCTCGATCAGGTTTG
GATAATATTGAGTGTAGTTGACAATCGAACGTGAACTGTCTACACAAACG
TACGGCGTAGTGCTGGTTGGTGTGC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000001:1019592..1034417-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00000187 ID=TCONS_00000187|Name=TCONS_00000187|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14826bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000001:1019592..1034417- (Clytia hemisphaerica)
TCACAGTCGTCATGGAGACAGCACCGTTGGATACATGAGTCGAAATCGGT GACGTCACTTTGATGGTCGAATCGACCGGCAAATGAGCCACCGTGGAGAG TCTGGTTCTGGAAGATTTGGTAAGGTGTACACTCTGTTTTATTAGTTTCA CTATTGGCTAATGTCTGATTGGACAGTACTTTACTTGACGTATTCAATCC TGTTGGTTCGGTCTTGTTCGTTGTTAAAGTGCTGTCACTTGTCAAATTTC CAAGCATGGTTTGCGAAGTTGGTATTGAATCTTCATTGACTTCACTCTTT GTGTTCATCGGATTCGTCGTCTTCATTGAAGCACTGGTCTCGTTAGCTAT CGTTGGTGATTGTGAAGTTGAATGTTGGTAATGCTGCTCATTGGTAGAGT TCAGATTATCATTGTCAGTGCTCTTGAAAGCCGTTATCAGAGACATCTGT CCAGGTCCGTCATTTGTAGTTTGATTGGCAACTTGTTGGTGACTCTTCAC TTTTTGGAAATCGTTTTGAAGTGGAAGACCAAAAGATTTGTTCATTGTCT CGTGTTTGCTGTTTTTGATTGTTAAGTTATTTTTAAACGGTAAGCCGCTA GCAGTATTTGAATAATCTTTGTTACTTTTTTTGTTGTTGTTTAAAAGCTC CAAAATATGTTCTGGCGTTAGACCTTCTAGGCCGTACTGGGTCATTTGGT CAGCTGAAGTATTCCCAATTTTCAAATCCAGTTTAGGAGCTGTCTTTGAG TTTTCAACCTTCAGATCATTGTGACTTTCCTCTGACATTTCTAAAGAACT GTTCACCACGCTTGTATTTGATTTGTTTGTGTTATTTTGAGTTTTCTTAT CAACTTTCATCACTGGTTGATCGATCTCTATTGACTTCAAGGTTGTTTTA TTTGATTCTTTATCCACGATTTGTTCTGTTGAATTCTGTTCAGGTTTCAC CATCAGTTTCATTGATTGAAATTCAGTAGATTTATTTTGATTATCTGTGA GCTGCTTTGGTGTAGGTTTATCATCTTTGAGATTTTTTCGACCTTTTGAT TTTATGTTCGTTCCATTCTCTCGATGAATTGGTGAGGCTAAATCATTCAC AATGCTCTCCTTTGGTTCTAAACCTGATAACAAATCTTGTTTCTTCTCCA AACTTTCATCAAGCACCCGCTTCCTGCTATTCAAATAAACAAGCTCTGGT CTCAGGTCTTCTGTATTCTGAGCCGGCACCATGGAGCATAGGTCTTTACT AAAACACTTCAATGTGAAACAAGATCCACCGATAACGAGTGCAACATCAC ATGCTTTTGATCGACAACAAAACTGGATGCATGTGTTNAACAAGATCCAC CGATAACCAGTGCGACATCGCAGGCCTTTGACTTACAACAAAACTGGATG CAGGTGTCTAGATCTGGTACTAAACCGTGCTGCACATAAATACCAGCATG GAATCCTCCCTTAACAGTCATACCATACTCGACATCTGAGTGCTGGCAAA TGGATACTGTATCCCTGGAATCGGTTGCACCCAACCCTTTTTTGCCATTG CCACTGAATCTGGACAATCCATTATCATCGGAATAAAGACCTCCTGGCTC TCTAGTGTCTTCGGAATCGGCCATCGGGGGTCCTTGACGTACATCTGAAA TGAAAGTCACAGCTTCGCTATTTGCTTCTGATTCTATCAACTGACACGTG TACTGGTTAAAGCAGATGATACTGTAACATTTATTATTGATGGTCATGGC TAAATCACAAGATCGATTCTGACAACAATACTCAATACATTCTTCGAACC TCATAACAGGACCTTTATCTATGAAAACACCAGCCTCACTACCACCTTTA AGAGTCTTACCAATGGTTCGATCAGAAGCTAAACAGACTCTAGTGTTTGA 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CTTTCACTGTTACAGAAAGCTCATCAACTGGTGTTTTTACGACAGCAGTT CTGATTGGTTCTTTTTGATCATGTGACAACTCTACTAGCTCAACCATTGG TCGTTGGGATTGATTCCGCTTGTCAGCGTCAACGTCCTTGAATCTGTTTG TGATCAAGTCTTTCGATTTCAACGATTCTGTCATTTTAGATGTTGGTGAT TGAGTCTCCGTCATCATATCTTTGATAACTGATTTAAGCCTCGCCAAGAT ATCTTTAGGATTGTGTTTTAGATCCTCTCTTGAGTCTTTTTGCTCCAATG TTGGTGGTACTTCTGGATCTCCAGACTGCAGAACTCTATTGGCTACTGTA GATTCTCCCGGTACAATTACACCTTTAGGCTTTGACATTGCACCAACCTT TCCTTCCCGGGATACATTGAGATGCCTAATTTTTACAATAATGGGGACAT CATCAAGAACCTTGGATAGAGGCTCCGTTTGGCATTTCAGTGGATCTACA CAATTCACCGTGTAACAGAATCCTTTGAAAAACAGCGCATGCGTGCAATT GTTAAGTGCACAACACTTCGTGACACATCCATCAATGTTGTGCTCTGATA AAATGGTTGTGAAAACACCTGCATATAACCCACCTTTGAATCGATGGTTA AGAGTGAATGATTCTCTACGGCAGTTCTTCTCTTTTGATTTGAAAACACG CTTTGAAGGTGTGACGTCATGATATACTGAGTTTGGTTTCAGGGTGAATC CATAACCTGATTTCCCCGATGATGTGAATCCGATGTCGTTAATCATGTTA TGTAATCTAGCAAAATCGTTAAGTTCATCATTATCGTTTTTTGAAAATTT TCCCGATTTGGAATTTCGAAACCTGGTATTGTGTCTTCTGTTTTGCAACT TAGATGACTTTTCAAGGTTGTTTGAATTCTGGAATCTGGTGTTTGACTTT 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TTGTTTTGTTTCGTCTGGCAAAAATGCTTCATCGTGAGTATCTAACTCCC TTATACTGTCAGTTCTCTTTGGTAACACTCTTTGCAGATCTTCAACAGCA TTTAAGACATTCCCAAGAGCTTTCTTTCGAATCTTCTGATGTTTCTCTCC ATGACCAACTGTATTGAGGTTCTCAACCGTTTTCAAGACTTTTTTCAAGG CGCCTTCAAACATCGAATTGGTGATGTTCTTTAGAGAATCACGCCTGGTG AAAGGTTGTAAGATCTTGTTCGACTGTTGTAGCATGTTTTCCAGGTAATC TTCATCTTGATCTTCATCAGAGTTGGTTGAATCTAGAGCGCCTGGCTCCG ATCCTTTCGGTTTTTCCATCAAGTGATTACCAAGACCTTTGATATTATAA CCTTCAACATCAGAATTTTCTCCTTGGTTGGTTTCGGATACACTTTTGTA GGAACTATTAATATCTTTCGATTCTACTCCCTTTGTATTCTTTTGAACGC CATTTGCTTTTGGGAAGTCTACAAACACCACTTTTTTTTCCGTTGCGATT CCATACTTGTTCACCTCTTTACCGGGTTTCTGTTCAACTTCAGCATTAGT AAGATACATTGAATCTTGATTTGGAAGATGTCTGAATTGATCTTCCGAAT TTTCAATGTTTTCAACCGGAATGTTTGATGTAATCGGATTTGACTTTGGA TTATCGTTGAAAACATTAGCCATTGATGGATTTTTTGGCTGTTCTTGTAT GACAATCAAAGGTGTTTCAGATCTGTGTTTTGGTGTTTGAGTTTCTTCAG AATCTATTATCTGATATGGTGCCACTGTCTGTAATATTCTCTCATAGGGA ACGTTATGGGTTACATGATCGGTTTTCTTTAGTGTCTTCTCCTTAGCTGG TGATTGCTTAGGAACTGGTGCTTCGAGTTTTTGTCCTGCTGATGTCGTTT 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GTATTTTCTTGCCATCGTCTGTTTTGCTTTTATCAATGACTCCCTCCGCT TCTCGAGCTTTCGTAGGAGCTGTGCTGCGCTCAGGTAGTATTTTCCCTTG TTTTACCAAAATGTTTTTGAGTTTCGTTTTGTGTTCTTTCAGGAGCTTGT GTAGTGCTTTCAACTTGGGTTGATTTTCTATTTCTTGTGAATTATGATTC TCGTCTGTGAGAAGTTTCCTCAATGTCTCTTTATGTTTCCACAACTGGTT TTTAAGTTGCCTAAGATGGCTGTCAGTGTCGTGTCTTTTGATTGGTTCGT TTTGATCACGTGACACTCCATCAAGCGCTTTCATTGGTTGTCGAGGAGCT TTTATTGACGTAGGCTTTCGTAATGGTTTGTATGATGTTTGATGAAAGTG ATTTTGATCGTCTCCGATTTGACTTAAAAGCTTGTACAATTTTTTAGCCT TTTGTAAGGCATCGTTTTGGTTCAATTTTGCTGGACCATTCAGTTGCTCT CTTTTGTTTGTTGGACGATTTTGAGTCAACAGTTTTTTCAGATCCTCAGT TTTGAGTAGACGACTGTACTCTTCAAGTAAATCTTTGATACTTTGTTTGT GGTGACTGGACCCCTTTGAAGATTTAGAGAATCTGGATATTTCATTTTCT TTTGGGTTAATCTGTTGGTTGATATGATTTAAAAGTCTATATATATCCTT CGCTTTTTGGATATCACTTGAGTCTTTCAACATCTGGTCGTTCTCGAGGT CTTCAGCATTTTCGCTTTTGTTGGTTGGTTGGATGGGATCTTCTGGTGAA TTAGTACCTACTAAACTTTCCATACTCTTTTCTTCATCATCTGAGAGAGA ATGCAGTGTTGGAAGGTTTGGAAGCTCGATATCCTGGTCTGCCAGAGCTT TTGGTGATGTACCAACATTTTGTTTTCCAAAAGTATACGTTTTTGAATGT 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ATCATCATAGATGGTCTCCAAGAAATCTTCAGGCATCACTCCTTTTGAAT TGGAGTTGTTGGTCTTGGTACTGTTGTTACCAGATAATTTGTTAATTGCC ACTACTGATACCGGTCTTTTAATTGTACTTGATCCCATCGTTCCTTCGGT TTCCGTCTTAATAGAGGATAATTTTTCAGGTAGAAATCTAGTTGATTTCG CATTGACATTGTCTGAAGGAGTTGCATTCGACTCTGGAGATTTTCCCGTG CTTATGCTGTCTTTTCGAAGCGTATTTTTTGTCAATACAGATTTATTGAT TGCATTTGAATGTTTTTGGGATGTGTTAGCTCTGACATGAGGCGACCCTC TTTTCGTTTTTTTTGTTTGTCGTGTCACCGATTGTTCTCGGTATTTCGAA GTCGTTTTCGGCTTTGACGATCGATGAATTTTCGTCGGTACTTGTTCATA GTTTTGTGGATGTTTTCTTAACATGTCTAACAAGAAAGCTGTATCTTCTG TGTCCTTCAAACCTCTATAAACGAAAGCTAACCCATACTCGTGGCTTCTC CTCCGCTTATTCACTCGGCGGACCGCTTCGCACAACTTTCGATCAACACA TCTTATCAGGTGACATATACGTCGTGCAACCATGGCAACGTTGCATCCAG GTGTCGAGCAACAATGTTTGACGCAACTCGAAGGGCGGAAGATATATTTA CGCCCGAGCAACTTCCCCACCCTAGGTCCACCCTTTAGAGCCATACCACT CAAGAGACGTCCATGTTGACAAAGTGAGACGCGATGGTATTCTATTTTGT GTTGTGTCATTTGTTTGGCTTTCTTGAGTTGCTCTAAATATGTTTCTGTA GGTGATGTGGGATGCGACATCACTGGTGGTGCAGTCTTCCTTTGGCCATC TCTGTAACTGTTATTAGAAACTGGTGAACGTGACCCTGAATTGTGTCTTT GACTTTGTAGAGGATTTTGTAGTTTCTTTTCTTTTACGGAATTGTCAATT TTGTACTTGTTGTCCTCAATCAAGGTATGGTTGTGGCTTCTGTGTGTTAA AGCCGGGTGACTTCTCTGCATTACTGATTGGTATCGAGATTGGTCATTGT TAATATTAGATAAGTTGAATTTTCTAAGATGTGTCTGTGAGCTGCTAAGA TGGCTTTTTTGTACCATGTCATGTCTTCGATTAGCCTGGGTTTCTTTGTT GTTAGTTTTAAGGATCGAGTCATTTTCTGTTAAATGAGTTTTGAGTTTCG TCAAATGTTGGTGTGATGTGATGTTAGATAGTGTTTGTGAAGTTTGGTTG TTAGCCTGTAGTGGATGACCACTAGCCTGGAGTGCATTATTGATTTCATT TAGGTCGTTCTCTAGCTTTGATAACTTCTGATGATTCACGAGATCATGTT TATTTGGTATGTTTTCTTCGTCATCATCACTAGACTGGATATTAACATTG ATCGAGGCTAGATCGGCTTGAAGTTGGGCTAACTTTGCGTTTTCGGTATT ATTAGACTGGACTTCTAGTGTGTGGTTTTTGTCATCGATTGTTGTGTTTT GGAATATTTCTCCTTTTTGAAGCATTTGAGTCGCATTGGTGATCTTTTTC GTATCTTGTATAGTATTGTTATTATCATTAATAGCTATTGGTTGGTTGTC TGTTGTTATTTTATCGTTCAATCTTGTTTCTGATTGGTTCAATGGTGCCA CGTGACTCTGTTTGTCAAATTTTGATTGGTTTAACTCGTGTGTTGTTACG GTACCATTTTGTTTGTTTTCTCCAGGGTGATTTTCTTCTATTATAGTTTT ATTTACCATTTCAAAATGACTGCTCGATTTTCCTTCATTATTTACAGACG AATTTCGATATTCATCAATCTCTCTCGACATCTTTGAACTAGTATCCTCA 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GAAAAATTTCACCATCATTATCTTGATCAGAAAATAAACGACGAAAGTTC TATGTTAAAAAATTCAAAATTAACGTCGTCTATTTTCTGATCAAGATAAT AATGGTGAAATTTTTCGCATACTTTCATCATCACTGGCATTGAATTTGTT CAATTCGGTTTCTTTCCAACCAGTAGCATGGGTCTTCTCTTTCGTCCCAG TTGATGCGATGGTTAAAATATTATGTTGAGTATTCGAATCTTCCAGGCTC GTCTCTTTGTTGCTATGTCGCCAAGGATTACTTACGTTTGTCGGACTGCT CGAATTTTCGATAGAAATAACACTCGACATTTTAGCATTTTGTTCATTTA TTAAATTTGTCATATTTTTGTTTTGTTTTGCCACCTGTTTTCTTCGATTT GTCCTAATCCTTTTATCTGTGATATCAATTCTAGCTAGTTTGCTAGGTAC ATTTTTCTCTTCATTTGTTTGACTCTCGGTGATGAAATTCTCTACGATAT TACCATCTTCTTTCGCTGATTGTTTACTATGTTGATAGCTTGGTGGCTTG TTATCTATTAGTGTAAGAGAGAAATAGAAAGAGAGGGGTATATTGGTTAT AAACGCTGAAAGAGTTGGGAAATCTTAAGAAATTTTAGTTTTAGTGATTT GATGTATCATTTCAACATATGTAACAGGAGTGGTATGCGATTCAGACTAC CTTACTCGGGGAACATGTCTTTCGACGATTGTAAAAGTTTGAAAATCAAC CCTTAGAGTGACTAAATCTTTTAAAGGACTGTATACACTACACAATATAT TGTCGGGCAATCTATTGAGAATATATTGCTGAATGCTGGTAATATATTGA AAAGGTGTCCACAATATATTGTCAGCTCGATTTGCAATATTTCAACAATA TAGGGGAATTGTTTACAGAAAGAAAACTCCTTTTTATAATAGTAGCCCTT AAAACTTTGTTCATTTTTTAACGTTTTTAAGACCCTTAGAGAAAGAGTGT TTTCTCGACATTTCAGCCAAAATCATCAAACTTTTGTCGAAATTTCAAGA CCATTGAGGGAGTCCATTTTCAATTTTTAAATCACCCATTTTACCTGAGT GCAAATATTATAATGAGAATATATTCCTCGCCATTTTTTGTTTCGGTAAA AGAATCTCTGAAGACAGAGGGGTAAGGGTGAATAAATGATCATTTAAATT TTTACCCGATTTCGTTTCAGGAAGAAAATCAATTTCTTTGAAGAAAGCTC CCAAATCCTCCTCTTCGCCTGGCTTATGTTTGGTGATCTCGCTTCTCTTG GAAAATGATGTATCTCCGCAATATCCTGCACATGGTTCATGATAGCATTT GTTGTTATCTCCATAATAAATGCCATTACAGCGGTGATTTTCACAACAAA GATATAGACACGATTTGATGGACGGTACAAAATATTGCTCGATCAGGTTT GGATAATATTGAGTGTAGTTGACAATCGAACGTGAACTGTCTACACAAAC GTACGGCGTAGTGCTGGTTGGTGTGC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_000109XLOC_000109Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1575043694:1034299..1034417TCONS_00000187-exon-sc0000001-1575043694:1034299..1034417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1575043694:1019592..1019897TCONS_00000187-exon-sc0000001-1575043694:1019592..1019897Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1510915933:1034299..1034417TCONS_00000187-exon-sc0000001-1510915933:1034299..1034417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1510915933:1019592..1019897TCONS_00000187-exon-sc0000001-1510915933:1019592..1019897Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1491911889:1034299..1034417TCONS_00000187-exon-sc0000001-1491911889:1034299..1034417Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00000187-exon-sc0000001-1491911889:1019592..1019897TCONS_00000187-exon-sc0000001-1491911889:1019592..1019897Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000001supercontigsc0000001:1019592..1034417 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00000187 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
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Match NameE-valueIdentityDescription
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