transcript:BL95671_evm2 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
Nametranscript:BL95671_evm2
Unique Nametranscript:BL95671_evm2
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of transcript:BL95671_evm2

>transcript:BL95671_evm2-protein ID=transcript:BL95671_evm2-protein|Name=transcript:BL95671_evm2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=polypeptide|length=1288bp
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XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXSQPAVRECDLRQPAKSQGQRPDGRSPGESDV
Run BLAST on NCBI

mRNA from alignment at Sc0000091:338428..342734+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>transcript:BL95671_evm2 ID=transcript:BL95671_evm2|Name=transcript:BL95671_evm2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=4307bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000091:338428..342734+ (Branchiostoma lanceolatum)
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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000091:338428..342734+

>transcript:BL95671_evm2 ID=transcript:BL95671_evm2|Name=transcript:BL95671_evm2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=11601bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000091:338428..342734+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGAGGCTGCTTTGCTTCCTTCTGGTGCTCTGTGCCGTGGGCTTGGTGCC
CCGTTCGGAAGCCTGCCCGAAGTACTGCTACTGTGACAGTTACGAAAAAG
GCGAATACTCGGTGAGGTGCAACGGTGCGAACATAACTGCCATCCCGAGG
GACATTCCAAAGAACACAACAATGTTGGATATCAGTTTCACGCCAATTAC
AATGCTACGGAAAGGCGACTTCGTTGACATGCCCAAGCTGAAACAGCTGA
ACGTTTGGTGGAACCTCAACCTAACCATGGTCGAACTGGGAACCTTCGAC
AATCTACCGACCATCACGTCACTCGGGCTGTTCAACAACTCCTTCACCAA
ACTACCGACCGGACTGTTCGACAGATTGAAGAACCTGGAGAAATTCGACG
CTCACAACAGTAGGCTGGAGATGATCCAACACGGTCTATTCACCAACCAT
CCTTCCCTACAAGAGATCAGGTTGTTTTTCAATAACATTGCCGAGCTGGA
AGATGCCGCCTTTGGTGGCCTTCCGCACCTGACCACCTTATATCTCAGTT
CCAACAGTCTTACGTCTCTTAACCCGTCTGCTTTCAAGGGTTCACCTAAG
TTGAAATCATTGAATGTTGGCGATAACGCCATCACTGCTATTGGAAAAGA
TGCTTTTGTTGGCACCAATTTCGAATCGTTGTACTTCAGTAGAAATGCCA
TCGACACCGTGGATGTTGACGCCTTCTCCCATCTCAAAGCCCTTCAGTAT
GTTTCTCTGGATCAAAACAACATCAAGGACCTTAGGGGTGTCTTTAAAGA
CCTGCCCAATCTTCAATCGGTTTCCTTGTCTGGTAATCAGCTCACCAGCA
TAGAGGGTGTCTTCCAAAATCTGCCCAAGCTTGACAGTCTTTCGTTGAGT
GGAAATCAAATCTCGAAGATCACCGATGCCACATTCAACGGTGTCCCTGC
CATAACCTCTCTGACCATCAGTAGTAACGCCATCGTTGAGGTTGAAAGTG
GGGCGTTTCGAAACCTCGACAGCCTTTTAACACTTTACATTAGCTACAAC
CAGATTCCGGAAATCTCCTTGGCCGGCTTGCATTCCCTTATGACACTCAG
CATGGATTCCAACAACTTGCACAGTTTCCCTACCAACTTGGAAGATGCCA
ACCAGCTTGAATCCATAAGTTTGAACAACAATCCAATTGAAGAACCGCTG
GACGAACAATTTTCGGTTTTGCATAGACTCTCCAGTCTGTACCTGTCTAA
CATTACCAGCCTGAAGTTAGCGGGGACACTGAATCCAAAGGTGCTATGTG
GTTCTGATGCCCTTGACGATGTGTGGCTAAATTACAACGGACTGGCTTCA
ATCCCACCCACGACCTTCGAGTGCACGCCGGTCATATCCACGATATATCT
TTCGAACAACAACCTGACAGAACTGAGCCCCAGTTTGTTCCACGGTTTGA
CGGAGTTGTGGTGGCTGGATCTGTCCAACAATCAACTCAGCCACCTGGAC
TCGGACATGTTTTTCGGTCTTGACAAGCTCAGGTCCCTTTCTCTGAGTGG
AAATAACTTAACCAACATGGCACATGTAGCTCCGGCAATAGCAAACCTTC
CCTTTCTTCTGTACCAGACCCTAGACGACAACCCGTTTGTGTATCTTGGT
CGCGAGTCCTTCTCAATGCCTATGAAGCATGTCAACTCGTTTTCGGTGTC
CAGCACTCACATTCGTGTGATAGAAGAGGGAACATTTTCCGACGTTACAT
TCCCCAATCTGACTCGGCTGGAACTCGAGCAGGACGATTCCTTGCACTTC
CTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GCGCCAGCCCGCCAAGTCTCAAGGGCAAAGACCTGACGGACGTTCCCCTG
GCGAGTCTGACGTGTGAATGAGGCTGCTTTGCTTCCTTCTGGTGCTCTGT
GCCGTGGGCTTGGTGCCCCGTTCGGAAGCCTGCCCGAAGTACTGCTACTG
TGACAGTTACGAAAAAGGCGAATACTCGGTGAGGTGCAACGGTGCGAACA
TAACTGCCATCCCGAGGGACATTCCAAAGAACACAACAATGTTGGATATC
AGTTTCACGCCAATTACAATGCTACGGAAAGGCGACTTCGTTGACATGCC
CAAGCTGAAACAGCTGAACGTTTGGTGGAACCTCAACCTAACCATGGTCG
AACTGGGAACCTTCGACAATCTACCGACCATCACGTCACTCGGGCTGTTC
AACAACTCCTTCACCAAACTACCGACCGGACTGTTCGACAGATTGAAGAA
CCTGGAGAAATTCGACGCTCACAACAGTAGGCTGGAGATGATCCAACACG
GTCTATTCACCAACCATCCTTCCCTACAAGAGATCAGGTTGTTTTTCAAT
AACATTGCCGAGCTGGAAGATGCCGCCTTTGGTGGCCTTCCGCACCTGAC
CACCTTATATCTCAGTTCCAACAGTCTTACGTCTCTTAACCCGTCTGCTT
TCAAGGGTTCACCTAAGTTGAAATCATTGAATGTTGGCGATAACGCCATC
ACTGCTATTGGAAAAGATGCTTTTGTTGGCACCAATTTCGAATCGTTGTA
CTTCAGTAGAAATGCCATCGACACCGTGGATGTTGACGCCTTCTCCCATC
TCAAAGCCCTTCAGTATGTTTCTCTGGATCAAAACAACATCAAGGACCTT
AGGGGTGTCTTTAAAGACCTGCCCAATCTTCAATCGGTTTCCTTGTCTGG
TAATCAGCTCACCAGCATAGAGGGTGTCTTCCAAAATCTGCCCAAGCTTG
ACAGTCTTTCGTTGAGTGGAAATCAAATCTCGAAGATCACCGATGCCACA
TTCAACGGTGTCCCTGCCATAACCTCTCTGACCATCAGTAGTAACGCCAT
CGTTGAGGTTGAAAGTGGGGCGTTTCGAAACCTCGACAGCCTTTTAACAC
TTTACATTAGCTACAACCAGATTCCGGAAATCTCCTTGGCCGGCTTGCAT
TCCCTTATGACACTCAGCATGGATTCCAACAACTTGCACAGTTTCCCTAC
CAACTTGGAAGATGCCAACCAGCTTGAATCCATAAGTTTGAACAACAATC
CAATTGAAGAACCGCTGGACGAACAATTTTCGGTTTTGCATAGACTCTCC
AGTCTGTACCTGTCTAACATTACCAGCCTGAAGTTAGCGGGGACACTGAA
TCCAAAGGTGCTATGTGGTTCTGATGCCCTTGACGATGTGTGGCTAAATT
ACAACGGACTGGCTTCAATCCCACCCACGACCTTCGAGTGCACGCCGGTC
ATATCCACGATATATCTTTCGAACAACAACCTGACAGAACTGAGCCCCAG
TTTGTTCCACGGTTTGACGGAGTTGTGGTGGCTGGATCTGTCCAACAATC
AACTCAGCCACCTGGACTCGGACATGTTTTTCGGTCTTGACAAGCTCAGG
TCCCTTTCTCTGAGTGGAAATAACTTAACCAACATGGCACATGTAGCTCC
GGCAATAGCAAACCTTCCCTTTCTTCTGTACCAGACCCTAGACGACAACC
CGTTTGTGTATCTTGGTCGCGAGTCCTTCTCAATGCCTATGAAGCATGTC
AACTCGTTTTCGGTGTCCAGCACTCACATTCGTGTGATAGAAGAGGGAAC
ATTTTCCGACGTTACATTCCCCAATCTGACTCGGCTGGAACTCGAGCAGG
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TGACGGACGTTCCCCTGGCGAGTCTGACGTGTGAATGAGGCTGCTTTGCT
TCCTTCTGGTGCTCTGTGCCGTGGGCTTGGTGCCCCGTTCGGAAGCCTGC
CCGAAGTACTGCTACTGTGACAGTTACGAAAAAGGCGAATACTCGGTGAG
GTGCAACGGTGCGAACATAACTGCCATCCCGAGGGACATTCCAAAGAACA
CAACAATGTTGGATATCAGTTTCACGCCAATTACAATGCTACGGAAAGGC
GACTTCGTTGACATGCCCAAGCTGAAACAGCTGAACGTTTGGTGGAACCT
CAACCTAACCATGGTCGAACTGGGAACCTTCGACAATCTACCGACCATCA
CGTCACTCGGGCTGTTCAACAACTCCTTCACCAAACTACCGACCGGACTG
TTCGACAGATTGAAGAACCTGGAGAAATTCGACGCTCACAACAGTAGGCT
GGAGATGATCCAACACGGTCTATTCACCAACCATCCTTCCCTACAAGAGA
TCAGGTTGTTTTTCAATAACATTGCCGAGCTGGAAGATGCCGCCTTTGGT
GGCCTTCCGCACCTGACCACCTTATATCTCAGTTCCAACAGTCTTACGTC
TCTTAACCCGTCTGCTTTCAAGGGTTCACCTAAGTTGAAATCATTGAATG
TTGGCGATAACGCCATCACTGCTATTGGAAAAGATGCTTTTGTTGGCACC
AATTTCGAATCGTTGTACTTCAGTAGAAATGCCATCGACACCGTGGATGT
TGACGCCTTCTCCCATCTCAAAGCCCTTCAGTATGTTTCTCTGGATCAAA
ACAACATCAAGGACCTTAGGGGTGTCTTTAAAGACCTGCCCAATCTTCAA
TCGGTTTCCTTGTCTGGTAATCAGCTCACCAGCATAGAGGGTGTCTTCCA
AAATCTGCCCAAGCTTGACAGTCTTTCGTTGAGTGGAAATCAAATCTCGA
AGATCACCGATGCCACATTCAACGGTGTCCCTGCCATAACCTCTCTGACC
ATCAGTAGTAACGCCATCGTTGAGGTTGAAAGTGGGGCGTTTCGAAACCT
CGACAGCCTTTTAACACTTTACATTAGCTACAACCAGATTCCGGAAATCT
CCTTGGCCGGCTTGCATTCCCTTATGACACTCAGCATGGATTCCAACAAC
TTGCACAGTTTCCCTACCAACTTGGAAGATGCCAACCAGCTTGAATCCAT
AAGTTTGAACAACAATCCAATTGAAGAACCGCTGGACGAACAATTTTCGG
TTTTGCATAGACTCTCCAGTCTGTACCTGTCTAACATTACCAGCCTGAAG
TTAGCGGGGACACTGAATCCAAAGGTGCTATGTGGTTCTGATGCCCTTGA
CGATGTGTGGCTAAATTACAACGGACTGGCTTCAATCCCACCCACGACCT
TCGAGTGCACGCCGGTCATATCCACGATATATCTTTCGAACAACAACCTG
ACAGAACTGAGCCCCAGTTTGTTCCACGGTTTGACGGAGTTGTGGTGGCT
GGATCTGTCCAACAATCAACTCAGCCACCTGGACTCGGACATGTTTTTCG
GTCTTGACAAGCTCAGGTCCCTTTCTCTGAGTGGAAATAACTTAACCAAC
ATGGCACATGTAGCTCCGGCAATAGCAAACCTTCCCTTTCTTCTGTACCA
GACCCTAGACGACAACCCGTTTGTGTATCTTGGTCGCGAGTCCTTCTCAA
TGCCTATGAAGCATGTCAACTCGTTTTCGGTGTCCAGCACTCACATTCGT
GTGATAGAAGAGGGAACATTTTCCGACGTTACATTCCCCAATCTGACTCG
GCTGGAACTCGAGCAGGACGATTCCTTGCACTTCCTANNNNNNNNNNNNN
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NNNCGAGTCAACCCGCCGTACGTGAGTGCGACCTGCGCCAGCCCGCCAAG
TCTCAAGGGCAAAGACCTGACGGACGTTCCCCTGGCGAGTCTGACGTGTG
A
Gene-mRNA-Prot
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
gene:BL95671gene:BL95671Branchiostoma lanceolatumgene
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BL95671_evm2-E1BL95671_evm2-E1-1564476830-290526Branchiostoma lanceolatumexon
BL95671_evm2-E2BL95671_evm2-E2-1564476830-290528Branchiostoma lanceolatumexon
BL95671_evm2-E3BL95671_evm2-E3-1564476830-290530Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
transcript:BL95671_evm2transcript:BL95671_evm2-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000091genomeSc0000091:338428..342734 +
Properties
Property NameValue
Transcript idBL95671_evm2
Biotypeprotein_coding