Blg00397.6 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00397.6
Unique NameBlg00397.6
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000570:24187..61403-

Legend: exonCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00397.6 ID=Blg00397.6|Name=Blg00397.6|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=37217bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000570:24187..61403- (Branchiostoma lanceolatum)
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CATGTGGCCATGATACATGTACAAAATGTATCTATTTGACCATTGGGGTA CCACAGAAGATCTGGCAACCAGTTTTCTCCATGCCAGTCAATATTCTGAT ATCATCCTCCCATCATCTCTGTTGCCTTATATGATAGAAACTCCTCTTTC TTCCTCCCTGGACGGCTCCTTGCATGATAGTTTTCGCTAGTCCTGATGAC TTTGAAAACGTGGCCGTACCACTTCAGTTTTCTTTTCTTTACTGTGGATT TGAGGTTTTTGTATGGACTCAGATCTTATAATGCTTAAAGAATATCATCA ACCATTAAATCGATATCTTTTGATTATTAATCCGTGTGTAAAATCTGTCA GGCTACATGGTACTTTCCCCTAAAGAACAGTCAGCAGTTTTTACAGTCAG CTTGACTTGATCATTATTTTAAAACTTTCCTAGGCCTTGTAAAATTCTCC TAGTATTAAGCTTTGAGAATTAGTCAAGAAATTTTTCAACATTTGTGCAT AATTTACTAATCTTTCCTATCTAGACATTAATGACTCTTTTTTTTTCTTG TTTTGTTTTTTGTTTCAGAGCAAAAGCCTGAAGACGTCCAAATGCTGCAT ACTTTCTGTCAGGTCCAGAGATGTTAGTTGTCTGAAGGCTTCAGATGAGA TACTGAGAGCAATGCAACTTTTATTGAATTTTATTGATTTTAGTGGCGAC ATTTAAAAGAGTACTATCCTTTGTAGAAAAAATACTTCTGTATACACAAT GGTAACTGTCTATTAGGAAAGCAAACAATGGTACTGTCTTTCTGTCAGAG ATGCTATTTTTCTCAATGAGACTGTGAAGGAAATTGAGTTGGGATCACCT ACGAAGCATGAATGTGAACAGTATTATAAGATTTAGCCTGCTATAGACTG ACGACAGTATATTGTCCTGTGACTTTCATTGTGAGCGACGGTTGCATTAA 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ATTCGATGTACAATACAAATCTTAAAATGACATTGTTATCAGTCAATATT AGCTACTACAAACCATTTGTGTAATACCAGCTCAAACAAAACTCTATCTT TACCACCTTGTCCATCGGATCCCACCAAGAAGAAGAGAATCATTGTTCAA TCTTCAGAATGTTTTGATATGCCATTTAAGTGTTAAAAAAGCTCACTTGG GCTGGCTCAAAGCTTAAAAGTTACTGTAGAATATTTTACTTGAATGCAGC AATAATGTTAGGTTTTCATATAACGTTACAAGAAGATTTCTTGCTGTATA AGACACATAACCTGACAGCTTTGTCAGACCTGTTCATTTGTCCATAGGAT TCAAAGGCAATCATACATTTCACCCCAGTGTAACCTTGAACCCATTTGAA AGTTCCTTAGACGTCTGAAAAGAAATGTTGTGTTACCTGCTGAAAAACAT GCCAACTCTAGCCTTTTTTTGGTTGGCCGCTGGCAAGGGACATAAAAATT TCGTTCTGACATCAGAGTAATGAAATTCAAAACAGACTTTCTGAATTTCA CACTATTCAGTAAAAGGATGAGGGTTAGGGAGAGTCGCAAAGCCTGACGG GGGTGTTGCGGAAAAGGCTGGGCTATCTACCTGGCCTGGCTAGCTGGCCT GTCTACCACGTTAGGCTACTTGGATCCCCCCATTCATATCCCCACAAATG GTCAGACACTTTCTCAGTTGCTTTAACGTATAAAAGGAACTACATGTAGG AAAATTACAATAACATCACTTGAAGCTGACTTAATAAACAGTTTATTCCA TATTAAACTTCACAAAACTGAATAAAACTTAATATAGCACTTTAACTCAA CTGATGAATAGTAACGGGGGGGGAACCATAGTCCCGAAAGGCCCATAGTC CGGTTAGGTTTTAGAAAATTTATCATTGTTGCGGAGATATGCATGGGTAA 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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000570:24187..61403-

>Blg00397.6 ID=Blg00397.6|Name=Blg00397.6|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1590bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000570:24187..61403- (Branchiostoma lanceolatum)
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CAAAAGGGTAGTGAAATTTGGCAGGTTTTCAGGTGCCCCAGGAATGATCA
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CCGTTCATGCACATCGCTCAGAGTCACAACTATCGGAACAGCGAGATGGC
GCGCCAGGCTGTCCGAGACTGCGGGTATGAGATCGCTCTTGGCCTGATGC
CCCAGTCCATTGGCCCACTGACGTTTGTCTTCACAGGGTCAGGAAATGTG
TCACAGGGGGCACAAGAAATCTTCAATGAACTTCCTCACGAGTACATCCA
CCCCGAGGACCTAAAGGAAGTGTGTGAAACTGGAGATACCAGTCGGTGTT
ACGCTACTGTGCTGAGTCGAAAGCATCACCTGAAGAACAAAGATACGGGT
GTCTTCTCTGCAGAGGAGTACGACACACACCCTGAGAGATACATCTCAAC
GTTTGCACAAGAGTATGCTCCGTATGTGTCCTGTCTGGTGAATGGAATCT
ACTGGCCGCCGAACGCACCACGTCTCCTGACCTTCTCCGACCTTCAGCAC
CTGCTCAGTCCAGACATGGCGCCCAAACACGTACCGGAGGGTCCGGGCAT
GCCCAGACTGCCTCACCGGCTGGTGGCAGTGTGCGACATCTCAGCCGATC
CCGGCGGTTCACTGGAGTTCATGACGGAGTGCACCAGTATCGATGTCCCC
TTCATTCTGTACGACGCTGAACATCACATCCTCAGACCAAGGACATCAAG
TCTGATCACGCCCTACGGTAGACCAGCCACACTGGCTGACCAGGACTCCA
GCGAGTACATGAGCCGCAGTTTTGCTGGTGACGGTGTCCTGGTGTGTTCC
ATTGACAACTTCCCCGCCCAGCTCCCTCGGGAGGCGACAGACTATTTTGG
AAACCTCCTTATTCCATACCTCTGGCAGATGCTGAAGTCCAGGGCTGATG
TTTCATTTGAAGAACAAGAAAAGCTGTTTTCTCCCACCGTCAGTGGGGCT
GTGATTGCATCAAACGGCAGACTAACTCCAAGATTTGAGTACATCTCCGA
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Gene-mRNA-Prot
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
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Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:52616..52792Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:52616..52792Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:50587..50671Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:50587..50671Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:50173..50240Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:50173..50240Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:49308..49454Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:49308..49454Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:46196..46274Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:46196..46274Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:43304..43431Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:43304..43431Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:39752..40038Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:39752..40038Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:38295..38363Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:38295..38363Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:30654..30765Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:30654..30765Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:29098..29163Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:29098..29163Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:27305..27384Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:27305..27384Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:24187..26635Blg00397.6-exon-Sc0000570-1570713199:24187..26635Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00397.6Blg00397.6-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000570genomeSc0000570:24187..61403 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00397