Blg00338.1 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview


Name	Blg00338.1
Unique Name	Blg00338.1
Type	mRNA
Organism	Branchiostoma lanceolatum (Amphioxus)

Full-screen view

Sequence

The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000086:231979..243073+
coding sequence from alignment at Sc0000086:231979..243073+

mRNA from alignment at Sc0000086:231979..243073+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>Blg00338.1 ID=Blg00338.1|Name=Blg00338.1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=11095bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000086:231979..243073+ (Branchiostoma lanceolatum)
AGCTGACACCATCGAAAACTTCCCCATCAGTCATAACGACATTTTGCGGT
GACGGAATGCGGAAGTCTGTGACATTCGGAAATGTCACCAAAACTAGGCT
TAAGTTCCTCCTGTTTCTGTTCCGCATTCTGAGTCGATCAACAAGCCGAT
CTAGCTCACATAACCCGTCTGGAGGCATAACCTGTAAGGTAAGAAAATAT
CTCATTCCAATATTTCTTTTCATTTCATTTTCTCTACAGTCTTAATCTTT
GGGTCTCCAATGACACAAGACAAAATGAATATGGCCTTAAAAAGCAAGCA
GCTTGTAACATTTCTTTACTAAACGTATGTTTTCTGAACTGACGGGTACA
GTTGTTTTGTTTGAGGTCGTAAAAGCAATGTTGTGTTCGCTTCTGTGATG
TTATCTTAGCTCATCAAGAGTTAAGTAAAAAATATCCTTAACGCTAGTTG
TACACCATACAGTCGTGTCGTTAGCGATAGCCTTATCTGTATCATATATT
CTAAACGATGGTAATACCGATCAATGGGAATGTTGGTATGAGATTATACT
GATTGGAAACAGCTGGTCATTGTCAAGATTCCAAGGTAGGAAGTCATTAA
TAACTGCAAGGTACAAAGTCACAGTAATAATTCAGGTATCGCACTACGAA
GATAAACGTAATTAAAGGTGACGAAGTTATGATAACATTTAGGGCAAACA
TATTCATATTTGTGCTTAACAGCAACTATTAGTATCGCAAACGTATTAAT
TATAGACAATGTGACATTTCTACCTTTTGAAAGCGGAACTTCCTCTCAGC
TGAAGGTTACCCATCACCATGGCAACGTACGAGAAACGGTTGTCCCACCT
GGCTGTCATTCTCTCCGTGGTAACCATGGTGATACCTACGTCAGAGGGGA
AGTTGGGCCTGAAAGATGCGCTTCCGTCTGTTCTGAACAACGGCTTTACC
TGGCAAAATTGTGGTAGGTGGAACTGATAAAACTGCCGTAAATGCATTCA
CTAGCATGATACTGAATCTTAGTTAGTCTTGCACGGTAATGATAGATTCT
TTGAATTTTCATTGGCTTTTAGAGACAATCTCAGATCATCATTTGTCAAA
AATTGTATCACATCTCATGGATACAGTCGTGGATACCATCTGGTTATCTA
TGATATGACGTTTTACAATACTAATAGTAAGTACCACAATGCTAATAGTA
AGTACCACAAATATCATTATCATTACCCGTGGCACGAAAATTGAGTTAAT
CTGTATTCCTAAAAAAAGCCATAAAAACACCTTACCACTTTTGAATTGAT
TCAAAGTCATTGCCACCTTTCTGTCTTCAGGCGACCCTGTCACGCAAAAC
TTCACTGTCACTGTGCTACCGAACCCACCAGTCAGAGGAGAAAATTTCCA
AGTCGGCATTACGTTTGTACCAGGTAAGATTTGCCTCTATGATAAGTTTA
TCTGCACTTTTAAAAAGTGCTTTAAATCCCACCGCTGCCACAAAGTCTAT
GAGAGGGTAGCATGACACTGACTGTTGGAGGAGGAGAAGACCATCCATGG
CCATTGTGATGGGGCAGGGTGTACAGAATGAGTATTAAACGACGGTGTAG
TACTAGTTGCATTTAACAGCATCCGACAGGGGGCACTCTTGGCTAGCGCT
AAAAAGAAACGTGTCATATATTTGACTTATATGTACAGCGATAACCCATC
GGTAATCGGCGGTATTCTTCCCGTTAGTAATTTAGATTTTGGAACGGACG
TACAGGATATGCATTAGTGTGTGTGATCTATATCTTTACCCTGTGGGTAT
ATTTGTGCGCTTTTGACTACAGAAATTTTTGTGACTTTGATACCGTAGAT
GCTGATCTCACGATCGGGAGAGTTGACGTGGACTTCTGGCACAACTATCG
CCCAGCGTTCTCCGTTCCCTACCCTATCTGTAAGAAAGGCACCAAGGAAG
AACACTGTCCGATGAAGAAAGGAGGTAACAACACTGTCTGTTGTTGTATA
AACGTTAACGTTAACTGGAAGTGTAACGTTACAGGTGTTGCTAATCATTT
TCAACATGTGTTATGTCTGGTTTCTTACGCGTAACGTTTAGATGATATTT
GCATGACTGTGTTCCGTTTATTGCTAGATTCAGTGGTAAACGTTTGTCCT
TCTTAGGGGTAGACTTCTTTATCATTTGATAAGACAGGGGCGTTCTTTTG
GATATTGCATGTATCAAACGATTCTCAGTATACGATAAGTAGGTTTTCGC
TCGATAATGTCATACCATTTAATGCAGATCTATTCCACCATTACAAAAAG
GTAGTATTTTAGTCATTGCTAGCCCTTCTATCTTATTTGCTATTGTATGT
GTTATGTCTGGTTTCTTACGCGTAACGTTTAGATGATATTTGCATGACTG
TGTTCCGTTTATTGCTAGATTCAGTGGTAAACGTTTGTCCTTCTTAGGGG
TAGACTTCTTTATCATTTGATAAGACAGCGGCGTTCTTTTGGATATTGCA
TGTATCAAACGATTCTCAGTATACGATAAGTAGGTTTTCGCTCGATAATG
TCATNGGAAGAACACTGTCCGATGAAGAAAGGAGGTAACAACACTGTCTG
TTGTTGTATAAACGTTAACGTTAACTGGAAGTGTAACGTTACAGGTGTTG
CTAATCATTTTCAACATGTGTTATGTCTGGTTTCTTACGCGTAACGTTTA
GATGATATTTGCATGACTGTGTTCCGTTTATTGCTAGATTCAGTGGTAAA
CGTTTGTCCTTCTTAGGGGTAGACTTCTTTATCATTTGATAAGACAGCGG
CGTTCTTTTGGATATTGCATGTATCAAACGATTCTCAGTATACGATAAGT
AGGTTTTCGCTCGATAATGTCATACCATTTAATGCAGATCCATTCCACCA
TTACAAAAAGGTAGTATTTTAGTCATTGCTAGCCCTTCTATCTTATTTGC
TATTGTATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNGGCGTTCTTTTGGATATTGCATGTATCAAACGAT
TCTCAGTATACGATAAGTAGGTTTTCGCTCGATAATGTCATACCATTTAA
TGCAGATCCATTCCACCATTACAAAAAGGTAGTATTTTAGTCATTGCTAG
CCCTTCTATCTTATTTGCTATTGTATGAATGTGATGATATATGGCGGAAT
TCCATTTCCCCACCTCTGACGTGGGAGAGTCTAAAATTGTTTTATATGTT
CTAACTCCTAACTGATGCATTTTTTTTCTGTCGGTAGTCCTGGAGACGAT
AAAGAGCAAACCTCAGATTTTGCCGAAGCACGTCGAACCGGTAAGTCGGA
TGATAACCTATAATTAGCTACGGGCCCATGGCCACACAGCTGGGCTATTT
CAGACGCGAGATCGAATGTCTTTCTTGGCAGAGTAATTTACAGATATTCC
AGATTGTTTTTATTCGTATAACCAGCATTTCCTCAAATATGAAACTTCAT
GAATATAGTTCACTCATACATACAAACACACAAACACATTCACTCACACG
CACACACACATACACACACACACACATTCACTCACACTCACGCACACATA
ATCAAACGCGTACACACATACTCACACAATTAAACAGAGGTACATCGTGA
AACACACACATACACGTACATGTATACATACATACACAGCTCCACACATG
CGCGCGCACACACACATATACTGTACATTACACACACACACACATCAACA
TAATCTAACGTGTCTGTACCCGTCCTACCAGGGTCACTACAACGCCACCG
TCACCTTGTTGAACCAGGCCGGGCATCAGATGTTGTGCGTCACGGCAGAG
GGAGACCTGAAGTAGGGCGGCAGAGAGACGGCCTCCACACTAAAATACAA
CGACACGATGTGCCAAACGATGCAAAATATTAAGAAAAGAAAAACGGAAC
AAGACGTTTTGACGTTTATTTGTAAAAGATGAAACACAAGTCAATAATCT
ATGATAGGTGTTATGTTGTTTCTGTTGATTATTATCAATGCTCTATGGAA
ACTTGCAATATTTGAAAAACCATACGAGAGGAAATACCGAGACTCAAACC
GCAAACAGGAACCGGACATAATCAATAAAGATGGAACTGAAATGA

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000086:231979..243073+

>Blg00338.1 ID=Blg00338.1|Name=Blg00338.1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=501bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000086:231979..243073+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGCAACGTACGAGAAACGGTTGTCCCACCTGGCTGTCATTCTCTCCGT
GGTAACCATGGTGATACCTACGTCAGAGGGGAAGTTGGGCCTGAAAGATG
CGCTTCCGTCTGTTCTGAACAACGGCTTTACCTGGCAAAATTGTGGCGAC
CCTGTCACGCAAAACTTCACTGTCACTGTGCTACCGAACCCACCAGTCAG
AGGAGAAAATTTCCAAGTCGGCATTACGTTTGTACCAGATGCTGATCTCA
CGATCGGGAGAGTTGACGTGGACTTCTGGCACAACTATCGCCCAGCGTTC
TCCGTTCCCTACCCTATCTGTAAGAAAGGCACCAAGGAAGAACACTGTCC
GATGAAGAAAGGAGTCCTGGAGACGATAAAGAGCAAACCTCAGATTTTGC
CGAAGCACGTCGAACCGGGTCACTACAACGCCACCGTCACCTTGTTGAAC
CAGGCCGGGCATCAGATGTTGTGCGTCACGGCAGAGGGAGACCTGAAGTA
G

Gene-mRNA-Prot

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
Blg00338.1	Blg00338.1-protein	Branchiostoma lanceolatum	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:231979..232166	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:231979..232166	Branchiostoma lanceolatum	exon
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:232762..232941	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:232762..232941	Branchiostoma lanceolatum	exon
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:233309..233401	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:233309..233401	Branchiostoma lanceolatum	exon
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:233827..233952	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:233827..233952	Branchiostoma lanceolatum	exon
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:242216..242268	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:242216..242268	Branchiostoma lanceolatum	exon
Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:242710..243073	Blg00338.1-exon-Sc0000086-1570713199:242710..243073	Branchiostoma lanceolatum	exon

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Sc0000086	genome	Sc0000086:231979..243073 +

Properties


Property Name	Value
GeneID	Blg00338

You are here

Blg00338.1 (mRNA) - B. lanceolatum