Blg00319.2 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00319.2
Unique NameBlg00319.2
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000086:164282..177665-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00319.2 ID=Blg00319.2|Name=Blg00319.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=13384bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000086:164282..177665- (Branchiostoma lanceolatum)
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CCCATACACAGGTGTTTGTGGTGGGCGAGTCTTATTTTGTTGTGGAGAGG CCATCTCTCAAGAACTTCTCAGCAGGCGGTGAGTTCCTATATGTACCCTG AGACATTTGGGACTACTTGTACAGACATGTTGACATTGTGATACATCTAT TATAGATTGTTGTGTATTTGCATTGTCTTATAAAAATGTGACTGTTGTAA ACTGTGAAGGTGTGTATGGTGATGTAGCATATCAATGTGTATAAATGTAC TCTAGATGCCTTGTTATTGTAAACGAAACAACAAAGATTATAAATAGCTT GCAGGTAATGTTATACATACCACGCACAGTATACCTTTTTTTATTGTTAT AGTATTGTTTTTTGTCATGTTCTGACTGTTTAAAATTGTGTTTTAGATCA AAGCACAATCTACTTCAACAGCCATGATGTTTCCAAGGCTGGGTCTTCTT CATTCCTCAATCAGGTATAGAGTACATTTGTACATGCTTCCTCAAGACTC AAGTTGAAGTTTTTTTCCATGCATTGTTAGGCCCCCTGCAACAGAGACTA ATATAGAATGGCATGAAAGATTTGCCATAGTATCTTACAATGTATTACAA ATAACTTACATAGTACAAATTGTCGGACATGCTATTCATTGGAAACTACT TAATCCTGTAATAGTCGTGATTCTTGATGTTATAGGATGATGTACAATGG AGATGAATTACCATCTACGATATATATTTTGCGGAGAAAAAATTCACAAT GGTACTGCCAACATGTGTCTATGTGATACTGTGTCAACACCTGTTCATTC ATAATCCACAGTTGGACAGTAGGGACAAAGTGTCATGCCCGTCCCTCCCT CTCTGCCGAGAAAAGTTCGAGCACGTGTTGACCAAGTTACGGCAGCAGCT GGGCATCACGCTGTTCGGCGTGGACATTATCGTGGAGAACAGGACCAGTC GGCACGCTATCATCGACATCAACGCATTCCCAAGTCAGTCCACCTTTACT TTTTGTCCTCAGTATCATTAGTAATTGATCCCTGGTCATTAAGACTGAGT GATACTTTATGATATGATATTCAATATTCAACTACCATTGAACTAGTGTT TGGTCCTAGATACCAAAGAACGATTTAAGTGTCTATGTGTTGTCTATTCT TTGTTGTTACTATTGCAATTTTTGTCCAATTACATATTGCTCTATGCAGA TAAGTAGTTCTACAGTATTCTATGTGTTTAAAACTTAGAAAAGGTACATA TACCGAAATTGATGTAAGATGTTGACTAAACAAAGTGTTTGTTTTTCCTG TAGGTTATGACGGGGTACCAGACCCTTTCTCTGTAGTGGCGGACCACCTG CAATCGCTTTTGTCTCAGCACTGTGGCGTGTCAAGGGCCACGGTCAATGC CAACACATGCCACTGCCAACCGAACAGAGCAGAAGTGTCTGTACCAGATT CAGTAGGACCAAACAAAGACAGTACGACAGTAAGGACAGAGAGTGCCAAC AGCAGTCTTATCATGCTGACCAATGGGACGGACTATAACAATGGGTCAGG TTTTGACTCTTCAAAAATTACCAATGGGGAAACATTGGCTCCTCCGAGGA TTGATGGAGTAGGGTTGACTGAAATTGTAAGTAGGAAGGATGTACCCTAT ACCAAATTTGGCAAGGGACAGGAGGTGTACTTAGGAGGACTGGCCAATGG GAATGGCCCTGCATGCGTGACAACAAGTGCCGATGAGGCCCAGTGTTGTA AACAGTTGACCAATGGGGAGAAACTGGGGTTTGTACGATTAGCCAAAGTT TAGGATGTAAAAGATGCATAGCAGATTGTGCGAGACTGAAATCTATTTGT TTTGTGATCACAGCCACTTAATTGCATGTGGAAGAATGTCCTACTTTTGA 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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000086:164282..177665-

>Blg00319.2 ID=Blg00319.2|Name=Blg00319.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1395bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000086:164282..177665- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGTTATACATGTGTGTTACAATGAAAGAAGTCTACATAATAGCTTTTGG
TATAAAAATTGTATTTGGTTCTTTTTATACCAGGTGCAGAGGCATGGAGC
TGGTCCTGATTGACAGTTCCCGCCCGCTGGCAGCCCAGGGTCCATTCCAC
GCCATCCTGCACAAGCTGACAGATGTCATCATCAAGGCTCAGGAGGGCGA
CACACGCGCACAGGGACAGCTGCAGCAGGTGGAGGACTACCTGAGTTCCC
ATCCTGAAGTACTGGTTGTGGATCCTCTCAGTTCTGTTAAGAGTCTCATG
GACCGTTGGACGGCCTACCATATCATACAGGAGTGTATTCCCAAGGACAA
GGGTGAGGACATTTTCATGCCAGAATTTGTGGAGATCCAAACAGCAGACA
GAGCAGAAATCTTGCAACTACTACAGGATGGTGGTGTCCACTTTCCATTT
GTGTGCAAGAGATCTGTGGCTCAAGGATCAGCTTCACATGAGATGGCCAT
CATTTTCAATGCTGAAGGGTTGAAGGACCTTCTCAGTCCACCATGTGTGG
CTCAGAACTTTGTCAACCACAATGCAGTCCTTCACAAGGTGTTTGTGGTG
GGCGAGTCTTATTTTGTTGTGGAGAGGCCATCTCTCAAGAACTTCTCAGC
AGGCGATCAAAGCACAATCTACTTCAACAGCCATGATGTTTCCAAGGCTG
GGTCTTCTTCATTCCTCAATCAGTTGGACAGTAGGGACAAAGTGTCATGC
CCGTCCCTCCCTCTCTGCCGAGAAAAGTTCGAGCACGTGTTGACCAAGTT
ACGGCAGCAGCTGGGCATCACGCTGTTCGGCGTGGACATTATCGTGGAGA
ACAGGACCAGTCGGCACGCTATCATCGACATCAACGCATTCCCAAGTTAT
GACGGGGTACCAGACCCTTTCTCTGTAGTGGCGGACCACCTGCAATCGCT
TTTGTCTCAGCACTGTGGCGTGTCAAGGGCCACGGTCAATGCCAACACAT
GCCACTGCCAACCGAACAGAGCAGAAGTGTCTGTACCAGATTCAGTAGGA
CCAAACAAAGACAGTACGACAGTAAGGACAGAGAGTGCCAACAGCAGTCT
TATCATGCTGACCAATGGGACGGACTATAACAATGGGTCAGGTTTTGACT
CTTCAAAAATTACCAATGGGGAAACATTGGCTCCTCCGAGGATTGATGGA
GTAGGGTTGACTGAAATTGTAAGTAGGAAGGATGTACCCTATACCAAATT
TGGCAAGGGACAGGAGGTGTACTTAGGAGGACTGGCCAATGGGAATGGCC
CTGCATGCGTGACAACAAGTGCCGATGAGGCCCAGTGTTGTAAACAGTTG
ACCAATGGGGAGAAACTGGGGTTTGTACGATTAGCCAAAGTTTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00319.2Blg00319.2-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:177428..177665Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:177428..177665Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:173648..174649Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:173648..174649Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:173070..173195Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:173070..173195Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:172518..172635Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:172518..172635Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:172086..172184Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:172086..172184Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:169079..169119Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:169079..169119Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:168435..168530Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:168435..168530Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:168088..168154Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:168088..168154Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:167702..167769Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:167702..167769Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:167183..167354Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:167183..167354Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:164282..166862Blg00319.2-exon-Sc0000086-1570713199:164282..166862Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000086genomeSc0000086:164282..177665 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00319