Blg00143.2 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00143.2
Unique NameBlg00143.2
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000026:2523900..2535649+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00143.2 ID=Blg00143.2|Name=Blg00143.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=11750bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000026:2523900..2535649+ (Branchiostoma lanceolatum)
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TTTTAGTACCTTAGCTGTTTAGGTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATTGAA AGCGTTTCAGTACCTTTGCTGTATAGGTCTTTTAATGAATAATGTTTTAG TACCTTAGCTGTTTAGGTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATTGAAAGCGTT TCAGTACCTTTGCTGTATAGGTCTTTTAATGAATAGTGTTTTAGTACCTT AGCTGTTTAGGTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATTGAAAGCGTTTCAGTA CCTTTGCTGTATAGGTCTTTTAATGAATAATGTTTTTAAATTAGTACCTT ATAGCTGTTTAGGTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATTGAAAGCGTTTCAG TACCTTTGCTGTATAGGTCTTTTAATGAATAATGTTTTAGTACCTTAGCT GTTTAGGTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATTGAAAGCGTTTCAGTACCTT TGCTGTATAGGTCTTTTAATGAATAGTGTTTTAGTACCTTAGCTCTTTAG GTCTGGTTTAATGGCAGTTTTAATGGATAGTGTTTCAGTGCCTTTGCTGG TTAGGTCTGGTTTAATGGCAGCTTCAATGGATATGATAGTTTTGATGAAT AGTATGTCAGCACCTTAGTTTAAGAGTCTACACTTAGATATTGGATAATT TCGTTCAAAATTACTAGTAAGTTTTTACATGTTGTATTTACATGTCATGG TAACTTCCATCCTTGAGAAAAGCATTTTGTTTTTCTTTCAAATTTACCAG CAATGCCACTCTTGTTATGGGCGTGGGTTCAAGCGCTGTCCTCGATGCCA TGGCAGGGGAAGGGTGAGTGATCCTTTAGCTGTATCTGTGTGATCAATTC ATCATACATAGAACTAACATGTATGTGTACATCCGTGAATAGTTTCATCA GGTTGGTAAGTCACTGAATAAAAGGACTCTTTTTATAAACCAAGAGATTT 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TTTTTCAATATGGTAGGATGATTTTTACAGTTTGGAGTGGCAGTTTTTTA CTACGCAAGCTTTTTTATTTCATATACTTGTAATCACTACATTGTACATT AAAGTATTTTCGATTTTCGTTTAAATTCTATCATTGTTTTGAATATTCCA GGTGTGTGAGGTGTGGTGGAGATGGCAGAGTGACATGTAATGTCTGCGAC GGTTGCCGCGATCTGAAGTGGTACATTCAACTGACAGTCAAGTTGTAAGG ACAGTCTTTTATTTTTGTTTGCTTGTTTTCTATTATGGCCCAAAATATGT AAATGAAGACAATGCTGAAATCTTTATGCGTATAACATTTACTAACGCTA CTTGGCACATTTGCGTAATAATTTCATACCTTGAGCATTTTAAAACTGTG CAAAAACGTTCCGTACGTGCCAAAACGTCCCATAGTTTTGTGAGCCTACA AAAACCCTGGCGACGATTTTCAGTTCTCACATCACATCGACGTCGTATTT TTGCATGATGGACATCGCTATACATGGTGATAGTGTTGTTTGAAGTAATC ATGTATAGAAATTACTAAATAAATTGAGTTTCAAAATCCGATATTCGGGC CTTAGTATTGCTTGGGTTTCCTTTAACTGATTGATAGATGGATGGATCAA TTTGTTGATTGGTCATACTTGATGATGGGTTCATTGTTTTTTCATTCCCT CTAAAATCAATACTTTTGGAATCGTGTGGCACAATCGGTAGATTGTTTCG CCCAGAACCGAGAGGTCCCAGGTTCGAAACCTCGATATGCCCCGATGTTG TGGCCTTCGGAAAGGCACTTTACGTGACTTTCCTCACTCCACCTAGGTGT GAATGGGTACCAGACTTCAATAGGGGAAGGTCGTATTGAGGTCACCTGCT GGCGCCGAATGGCAGCAGCCCAGAACCTTGCGACAGTTCCACAAAGTGCA AACATGTATCTGTTCTGTATTATATGATTGTAAACCCTGCAGCAATTCAG CACTGGCTGCCATTGCATGGGTAATTTCTGACCAATAAACTATTATTATC ATTATTATTGTAATTATTATTTTCTATCTCCACAGTGAGGATATGGTGTC TGATCATGTGACAGAAAGGACTGACATGCCCGATGAGCTCATCAAGGATG CAGGAGGGATGGTCATCTTCCAACAGACTCTGATCAGGGTAAACCTCAAG TTTCATACTATTAAAGGCACACTATGTAAGCTTTTGGCGCAAAAATTGAA ATCATTCTTGCGAATAAATCTTAATATGAATGACAAGTACTGACATGTAC AATCCCTTTTCAGCATATTGTCTTCATTATTTCGTCTATTTCGGTGAGGT GGTGTCTGGGAGTTTTTGTTTTGTTTTTGCACAGTTCACAAACACCAAAA ATAGACGAAATAATGAAGAAAATATGCTGAAAAGGGGTTGTACATGTCAG TACCTGTCATTCACATTAAGATTTATTCTCAAGAATGATTTCAATTTTTG CGCCAAAATCTTACATAGTGTGCCTTTAACTCGAACTCCTTCTCCCCAAA TCCCTGCTATCTGGCCCCATAAGGTAATGATCCGCACACAGATGTTAATA GGGTCATAATGCCTGGTCTATGGCTACCAAATAAGTCACCGAGTGAGCGA AGCAAATGAGGCTCGTGCCTGAGCCTAGTGTGTTTAATATACCCTCTCAG CGCCTGGTGTGGTAGATAGAGATAACTAGCATTATGTAAACATATTAACA CAAAGGGAAACGCGGTCATTAACGTCATTATCATATACTCAATGCAAACT AACACTGGCATTTGCCAAAAATAGTTACTCAAGGAACTGTACAAAATTTT GAAAGTCAGAAATTTCAGGCAGCATCCGTCTTTCGCCAGTGACTGTCTGA AACGTCTGACTGTTTCCAAATTTTATCCAGTTGCTTGAGTAACTATTTTC GGTGTATCTTACTACCTTTATCAACGTGAAACTGGCATTGTTTAAAAGTT GAAATTCTATCATTCCCACAAATGTGCATTATTTTCCGATCAGCTGTCTT CTTCATGAACCAATTCCTTTAACATTAGCACACAACTAAAACCCTGCATT TAATATTTTTGTTTGGATCAAATTAAATGAGGTGTCACTGTGTACAGTAA TGATTTATGGGACGTGTGTTGTTACTGTTTGTAGGTGTGGCCGATCACTC ACTTCACCGATCCGGACGTGAATGCCAACTCCCAGAGCCTGGTGCAGTAC CACACGTCTACCTACGAGAGGGCTGGGAGGATCTTACAGCAGGTATTAGT CAGATATGTAACTGTTGATAATTGTTCAATTAAATGTTTCATTGCTACTT AGATGTATAACATCAAATATCACATTATTTAGTTTTAAAATTAATTATAG TTTTTACACAGGAGTAACAGTTACATCTGTTGGAAACTGATTCACCAGGG ATTTCAAACATGACGTAATCATATTTAGGGATGTGTACCTAAACAAAAAC AGGTACAGGTACAGGTACAGCGAATTAGGTGCGGGTCCGTACCTGGATCT GAATAAGTATGATAAATAATTGGTTGATTATACATGTAGCCATTTTTCGA TGAGGATTAATCCATAATCGAATCTCAAAACAAGTCTATTTTCCAATTCT CAAATGCAAGATCATGAAGACTGTCTACTTTGAGACAGGATTTACATATT TGTTAGGTACAAGTGCTTTTGGTGTTCAGATCCGGACCTGTACCTAAACA ATGGTAGGGGTATTAATAATCTTCACAACTACAGTGTCGCCAGTAACTCA TCAAAATCTTAAAGGGACGTATTGTAGAATTTGGTGGTCAAAAACTACAA 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TCTGCTGGGAGGATGTCAATTGGGTGCTTTTTTAGATCACTTCTCTGAAC GATCAAAGCATTTTTAGCTGTCAACCTGTGATCATGATATATCCATTTGT ACTTCAAACGTTGACAGTTGCTCCATTTGAAGCAATGTCGTCTGAGGGTA CAAATGGATAAATCACAGGTCGGCAGTTAAAAATGCGTTGACTGGTCAGA GAATTCCTCTATAAGATCACCAAATTGACATTAATTGAGCAGAGGCTAAG AGTAAATGTCATGGTTGCCAGATGATTTTCATTACTGTCCAGACAGTGAA AGAAGAGTAAAAAGAAGTACTTAACAGTGATACTTCAGTATGACAGTTAT AAAGCTTATTTACTGAAGATTTACTGAAGATTAACTGAAAATTATACTGA TAGTATTCGATCAGTACTTAACCGTAAATGTTCAGTACTGATGGTTTGCA AAGGGTATCACAGTGTAAATTTGCTGTAAATCTTTATTCGGAAAGCCACT TTGTGCCAAGTCTTGTCCAACTTCTCAGACAAAGAGCTTAGCCAGTTCTT TTTCACAATTTTTGTGTTATTTGAAAATAAATGTAAATTAGTGTTGTGCA GTGAATCTATGTGCTGTGTAGTATAAGATTAATTAAATGATTATACAATC ACCTCGTTTTTGCCTACCCTTGAAGTTTGTTCCAGATCTTTTTAAAACCT TCTTTCTGCATGTAACGTTATAGTGTATGTTGTATTTAGACATATACATA CTAAGAAACGTTACCTTAGATATGGATAGATACACATACCTTTTTAAAAA AAGAGGCCTGCTCTTTTTGTACAGACTTTGTAATGTTTTTTTGCCTGCAA ATACATTGTACACATGTGTTGTAGAGTGATGTAAATATTTGTAACTTGGT TCAAATGCATTGTTTCCATAATTACACAGACATTTAAGTTTTATATTCCT 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Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000026:2523900..2535649+

>Blg00143.2 ID=Blg00143.2|Name=Blg00143.2|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1194bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000026:2523900..2535649+ (Branchiostoma lanceolatum)
TTGTCCATTGTGCCCTCAGCTTGGCAACCCAACTCGGGTGAGAGTGCCCA
GCCCGGCTACACCGGTGACGACGTCCCCGACTCGGACCCTGAGGACAACG
AGGACGCTGCTGACGACGCGGGACCGGACCCCGACATCAGCGAAATTGGC
GGCGTGCAGGGATATGAACAAGTGGGGATGAATGACTGGGTTCCCCCACC
TCCCCAGTATGTAGCACCTGAGGACTACACCAAACCTCCTGAGCAATATG
CTGAGGGAGCTGGCCTATCAGAGCAGGAAGCGAGAGATGCGATGATCCAG
TTTGTGGCAGAACACTGTTGTTACGGAAAGAAACCTGCCCAGGAACATGT
CATCAAGGCGATCAAACCCTCAACTGCCTTCCATTACACTATGGAAACTT
TCCTTGAGAGCAGATCTACTAAGTGGGTGCATACACCATACCGAGGCCAA
ATTATTGATGGCCCACAGAATGGTTATCCACCCAGTCCATGGGATATTGT
CTGCACTTGTGCTGACCTGTTTCAGGACCAAGTTGAGCGCATAGAGGTGC
CGCACACGGCAAAAGTACAGCAATGCCACTCTTGTTATGGGCGTGGGTTC
AAGCGCTGTCCTCGATGCCATGGCAGGGGAAGGGTTCGTTGTTCCTCGTG
CCATGGGAGGGGGCACAAGAGGAGGTATGACCACCAGACCAAGCAACATC
ACAATGAGACCTGTCATTGGTGCCATGGGTCAGGCAGGAGAAGGTGTGTG
AGGTGTGGTGGAGATGGCAGAGTGACATGTAATGTCTGCGACGGTTGCCG
CGATCTGAAGTGGTACATTCAACTGACAGTCAAGTTTGAGGATATGGTGT
CTGATCATGTGACAGAAAGGACTGACATGCCCGATGAGCTCATCAAGGAT
GCAGGAGGGATGGTCATCTTCCAACAGACTCTGATCAGGGTGTGGCCGAT
CACTCACTTCACCGATCCGGACGTGAATGCCAACTCCCAGAGCCTGGTGC
AGTACCACACGTCTACCTACGAGAGGGCTGGGAGGATCTTACAGCAGCGC
CACACCCTGAGGAACGTCCCTGTGTTCGAGATAGACTACAAATGGGAGGA
GGTCAACACTCGCTACTGGGTGTACGGGAACGAGCACCGCGTTCACGCGC
CGGACTACCCCCACCAGTGCTGCTGGGGTTGTGTCATCCTGTGA
Gene-mRNA-Prot
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2523900..2524088Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2523900..2524088Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2525375..2525441Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2525375..2525441Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2526248..2526377Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2526248..2526377Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2527308..2527368Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2527308..2527368Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2528023..2528147Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2528023..2528147Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2529400..2529462Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2529400..2529462Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2530182..2530291Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2530182..2530291Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2530701..2530793Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2530701..2530793Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2531635..2531737Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2531635..2531737Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2532734..2532841Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2532734..2532841Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2533730..2535649Blg00143.2-exon-Sc0000026-1570713199:2533730..2535649Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00143.2Blg00143.2-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000026genomeSc0000026:2523900..2535649 +
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00143