Blg00042.1 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlg00042.1
Unique NameBlg00042.1
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000660:12114..27576+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Blg00042.1 ID=Blg00042.1|Name=Blg00042.1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=15463bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000660:12114..27576+ (Branchiostoma lanceolatum)
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TGTTTATAATGCTTTGATATCAGACAAACAATAAAATAATTAGTGTGTCA ACATCTGGGACACTCATCTATCAGACAAGTTGCTCATCCTGAAAATGTCA GTCAAAACAGTGTGAACTGAGTCATGGAATTTGTTATCAACCTTCTTTTC ATGATCAGCTCCCCTGCATTCATTTACTTTTTGATGTACCCTTTTGAATT TTACTTTGACCTTCTTTTGATCAATAAATATCATTTCAGCTTACTGTATT TTTGTCTTGTAGGATGGACAGAGTATGGAAGTTTGTGCTACAAGAGAGGA GACAGTCCAGAAACATGGAATCATGCTCAGCTAATCTGCAGGGAAAGGTA GGTTCTTTAAATGCTAGGACAGGATCTGTGACATATATCCCTTTTAGGAA ATATTCATTTAGTACTAGAAAGGCAACATTTGCAGGAGCATGTATCGCCC ATTTCCCTTCCATGGCAAAAAGCGATCCTGTGGCATCGAGGCTTTACACA TTTTCAGTGGCAAATTTCTTTGAATACGGTACACCCGCCGCCGCACGTTG CACATATTTTTGACTGTATTTACACCACCATGGACGTAGCTTTACCGACT AATACCGTCGACACTTCGCCAGTTCAACAAAACACCTCAGTGTGCACTCG TTCAAACCTTACTGCAATATAAAAATTTGAACACCATGCAAAGCTACCAG TCGTTGAATAAGCCCGATGAATTTTTGTGTCCTTCTATGAGTTCAGAAGT TACTTGAAGAATACTGTAGTCATTTTGTCCAAAGAATAATCTCAAACCAA GGAGGCTATGTCCTGGCTTAAACAGCTGCAGTGTGGAATACTCTTGGAAT ATAATATTCGAATGAAAGACCCTTCCTCATTGGGTGTGCCCAAACTGACC AATCAGGTCTTCGTTGATATTAAACATAGCGTGCGTATTGGCTGCCGGCG 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TGACCGTGTCAATTGACACGGCAGCCTTCGCGTGAATTTGTTTAAGGTGG ATGACAGGTTGCGAATCTGAAACCCACACACTCTGGGCATCCGCCTTCTC CAGCGGCACCAATTCGTGGGAGACGTGCTGGTTCTGGTTGGGATGCTTGC AGCGAGCTGCCGGATGACTCTTACACTCGATAACGCCAGCCTGCCTGGCG CTGCTCTCGTCCGCCAGTTGAAGACAGCTGCCGTTGGAGACTTGTCCCTC TAATTGAGGGGGGATGCGTGTTAAGTGCCTTTCCCAAGGGCACAACGTCG CTCTACACTTGCGCCACACGACGCCACAACTCTACCTACATACCAAATTT CAGCTCATTTGGCCCAGGGCTGACCGAGATGAATCGATTTGAGGATTTGA CAGGAGGAGTTCAGACACAAGTGGTCTCGTCGTTGATCTAGTGTAGGTAT GTTCAGAACCCTGCACGCCTCAGGGTATGACGTGTAGGCTGATCGGAGTG TAATCCGACACGCCCGTTTTTTTATCAACTCGATCCTGCGCCGCTGACCG AGAGTAAGTCCAGGATGCCAGGCGGGCGCTGCATACTCACAAATAGGGCG AACAAATGTTGTGTAGCAGGTAAGTAGGTCATCCCTAGAGAGGTCGAAAT GGCAGAGTTGTTTTAGCATGAACAGCTTTCGGTTGCCTTGTTTGACAGTG TGGTCGACGTGGATATTCCAACAGAGATCGGCCTGGATGTGCAGACCGAG TAGTTTTACTGACACCACCTCTTCTAGCTGTTCGCCGGCGATGAACAGTG GTGGCAGCGGGGGAACTGTTCTTGTAAAGAACACAAACATGACCTTACAC TTTCTCGGGTGAAGTCGCATTTTCCTTGATGATGCCCATTGGTCCAGTTA GTCAAGGTCAGTTTGGATGGTTGAGGCGTCCTCGATCGCCCTGCTCTCTG CTAGGTTGAGATCATCGACAAACTTCCATCGCCTAGCCAGGGAGTTCTCA CATGCACTGTTGATAAGGGCGAGGAATATCAGTGGGCCTAATACAGTTCC TTGTGGAAGGCCACAGGTAGTTTCCATCCAGTCAGAGAAAGTTCCCTTGT ACATGACTCTCTGTTTCCTAGCAAAGAGAAATGAGCATATCCATAGGGCA AGTGAACTTCGTATACCTAGCTTCAGTAAGCTTGAGACAGCTAGGGTATG GTCCACCCTGTCAAATGCCTTTGCGAAATCCGTAGTAACCAATGTTGTTA TTGTTTCCCGCTTATCAGCTGTCTTAGTCAGATGGTTGACTACATCAACA AGGCAGTGTGTTGTCGAACGCTTGGGAAGGCATCCAGACTGGTTGCGGTC GATGTTGGACTTGATGTCAGCATATAGTTGTTTTGAGATAAAAGTCTCGG CTACCTTTGCCAGGGTGGGTGTCAGGGATATGGGCCTTAGTTCACTGATC GACGGCGGGCGCGTTTTAGGCAGTGNGGGCGTGTTTTTGGCAGTGGTACG ATGTTTGCCTGTTTCTATTGATCAGGGACGATCCCTCCGACAGGGAGGCG TTCAGTATGGACGCTACTGGAGTAGAGATCTCGTATGCAAAGTGCTTGAT GAATCTATTTGGAATACCGTCCGGACCTGCAGCTTTCTTCACTCTAACGT GCTGTAACTTGTTGTAAACTTCCCATGGTTGGATCTCTTCCAAAGGTCTT GCTGGAAGGAATGTNAATTGTCCAGTGGATCCAACGAGCAAGTTATTGTA CACAGTGCCTCGTTAACAGCATTAGCGGTAGCCCTGTTGTCCCCTGGTGG CACTCCTTCAACGTTAAGGGTGAGTCCTGTTCCTCTTGTGTTGGTCATGG CCTTGATCTGCTGGTACCACTTTGATGGATTTTCCTTCTTCATGGCTTTT ACTTTATCTTTGTAGAAGCTTTTCTTTGCCTTTTTGATTTCCTGCTGGAC TTTGTTGCAAAGCGACTTGTACCTGCCATGTTCATGGGCGTTAAAAGCCT GTTGTCGCTGTTGTATAAGGCTTTTGATCTTGGAACTGATCCATGGTTTG TCGCTAGAATAAAGTTTGATAGTCTTTGTAGGAAAATACTGGTCAATCTT TGTGTGCATTGTCTGGTAAAAGGCGTTAGTCTGGGACTGTACATTTGTTT CAGACAGAACTTCGGTCCATTGGTGACTTATCAACCATCGGCCGAAGGAT CTGATGCTGGAGTCGGGCATGGGTCTAACGACTTTTGACCTTGTCTCGCC TGTTTTGACTTGATCTTTTGGCTGTAGGCTTAAGATGTTGTGGTCGCTTG AGTCCAGGGGTGGTAGCAAAGAAGGCTGGAGGTACATGGATCCAAGCTTT GTGATCACTAAGTCCAAGGTGGCATCCAGTCTTGTGGGTACATCTACGAT TTGCTTGAGCTGGTTGCCGGGACAGAGGTCTTGGACGTCGGTTCGATTGA AATCCCCGGCAATACATATTCCAGCATTAGGAGTCGCCGATCTTATGTGA TCAACCACGGCACACAGGTGTTCAACCAAGGCGCCGGTATGTGGGGATCC CGGAGGGATGTACACGGCACAAACTGATATGTGGGGACTTCCCGGGGAAG GCGAGCAGGGCGTGTTTTAATCCACAGGCATTCCAGATCATTTGGTACGG TGGTATCAATAGCAGTAGCATATATATTGTTGCATATATTTTTTAATTCT GAAAAAATCTTATGTACTCCATTGACATTTTAGAAGATAGGGTTAAGTAC CTATCATTAGACATGAATACAGACAAATTAATGTAAATGTACATTGCAAA TACAGACCATTACACATTTCTGGAGGAATGTTGATGCCAGCTCTTTTTTG 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AAATCTATACCTCCGTAATAAAACACATCGATGTATAAAACCAAATTTCA TGGAGATTTTGGGTCTTCAGACTCTTGTTAGGTGAGGTGAGGTGAGTGCT GTAATATGAGGTCAATCTGTTCTATTTCACCATAATCATATTTCCTGTAT TTATATTCCTCTCCACAGGAGGGATAATATACTGTTTTTGCTTACATAAA CAGGAATAAGACTTGTTGGTTGTGATACCATGTTTAATCACCTCAATTCT TCTTACATGCTTTATGGTATTGTAGCTTGAAAATGTGGGTGTCTTGTTTT TTTGTTCACCTTTTTTTTTTGCCCGCACGCTCAAAATATGGAGTCTCCAG AGGATGTCATCCATAAAATTTACTTGCTGTGGCCTTATGTGTAGTCAGCT CATTAAGCTGCCTGTCATTAAAGGGGAACTGAACTTGAAATTGAAAAGCT GACGGTGCTATGTTAGATTCACACCTTCGAGCTGGCTTTCCTGAGGATGG ATTTCAAGGAATTTTCCGGCGAATTTGAGAGAATCAGCATGTTAGTGGGC ATTTCAAGATATGGTCAATGTTGGGAAGGTCTATTAGGAAAGCCAGCTTG AAAAGCCTTATTGATATGTATCAGAACTGTTGAGGACATNTCAGAACTGA TGAGGACATGCCGATTCCTGACATCACAAAATTCCGTCAGTCCGTCGAGT AGCTGTCAGCATGTTTCAAACTGTGGGAGCCCTGATCTATGACGGACTTA TGTAAAACAAATGAGAACTTGATTTTGAGGTATATGTAACGTAACGTGAC CAATTATCGTCCGATTTATTCAAAAAGTATTTATGTTAAAACTGCGCGGA CAGAGCCAAATATTTAACCCGCGGGAAGAAATATCAGCTCTTCTAAAAAG AAAAATGCTTGGTCTTTGCCTGAAGAATTGTGCTAGGGTTACCCATTATC GTCCACTTCAGTCTTCTAGCGCTATGCTTGAAGAACATAGACCAGAAAAA AAATGCACAGTAACTGTCCAAAGCAGTCTACAGACAAATGATAGTAAAGT CACTATGTTTGTCCCGCTGCTTGCTTGACGTGATGGAAGAAAACAATGGT GTGCAGTTAATTTCACCGACATGAGCGGCACGTGGCTTTCGCGTGATAAA CACATGGCCATGATGTTATGCCGTGCAAAAATATACAATCGAAGCGGGGT AAGAGATTAAAACCTCGTATCACTATGAATAGTCTGAATATCAAGGAAAG GCTTAACGTCAGCTACTTTTAAAAGATACTATGTATCGTGTAAATTAGAA AAACATTAAGTACGCGGTGTCAAANTAAATTAGAAAAACATGAAGTACGC GGTGTCAAATTACATATGAAATACGCGTCATCCATGACACTTCCGTGCAA CTTACTGTTACTGGTTCAGCAGTTTATTCTGTTATGTCGCTGGACATAAA CCTATTTCATTGTTTTGAATAAAAGAGAGTGATGGCTAAGGATCATACAT ATGACGTTCCTTTAAATTGCTCATGAGAACTGGCTTTGGCATAATACACC TCGACATGTGGGCATGACCCAAACTGGACGATACCTGGTAGCGTACGATA ATTGGTCATGTTATGTTAACATTTAAGTATAATTGGCTTTCATTTTTAAG TTTAGCTCCCCTTTGATTATTATGTACCTTGCATAGCTTCAATGACTATT ATATTTGTTATTTTCGCTTTAGGACTGAATAATAAGGGTCAGCAGAGACA ATGGGAGTGGACAACAGGGCAGTCTCTATCCTATACCAACTGGAAGACTG GTCAGCCTGATTCAGACTCTGGAATGCAGCGCAATTGTGTGGTCATGAAC CAACAACAGAAATGGAATGTCAGGAAGTGCCACCGAGGCAAGAATGTCTA TGTATGTGCAAAACACAAACTAGTTGACAGCTGAACATCTTTTCAATATG TTCTAATGTCGTTAACCTGTCAATGGAACACTCCTTTTTTGGCTCACCTG TTGTCCTGTCTAAATGAAAGGAAAGAGAGTTTTGCTGTGGATGTATTATC AAGCATAGCACCAAATCAGACAGACAGCACAGGGCTTGGATTTGGAAGGG TTTATGACAGAATTTTGACACATTTCTTGTTAGAGGAACTGTCAAGTCAG TTAAAGAAAATTAGTGCTTTGTCAGTGTGTGTTTATTCAAATTCTAGGGT AGCCTAAGTTTTGCCTAACTATGAAACTTACAAAATTTAATGTGAACCAT GTTTCATATTTCATAATGATGTCAGCTAAGATTGCATTGTAGTAGCATGT TCAGGATCAGGATGTTATATTCCAATTTGTTGTAACTTACAAATCTAGAA ATAATCTTACTTGATGCTGACAAATCATTGTCGGCAAAATGGCCCTATTG TGATATTGCTCGAACTTTGAATATTGTTAGACAAATGTTTAAGTTTCCAC ACCAAGTGTTAAGGACTATCTCCTGGATTATAATTCCAATAAGGTATTTT TGGGGTTAAGGTTTCCATTCCCAGACTAATATCTGTGGTGGTTTATTGGA GGTACATGTATCAACGCTGTGCTTTTGTGTTTGGTTTGAATTTTCTCAAA GTTATTTACATTTGATCTCTTCTTCTTTTTTTACACACAGGCAGTTAGTA AACATTTCCAACACTTTGGGCTGAAACATTCTCTTCTATGTGTGACGTAT CGCTACCAATTATGATCCAATTTATTCTATCTTAAAACCACGCGGACAGA TCCAAATGGGAAGAAATATCAGCTCTTCTAAAAAGAAAAATGCATTTTCT GCATTAAACTACCCTCGCAATACCCTCCCCAAGATGCCAACAGTCAAACA CCACACACTGTTCAGGAGGCTCCGTCTGCTTCGGGCACGGCACAGCACAG AGTTTGATAGATACAATTAACATTTATTACACTGAAATGATGTGCCTAGA CAGTCTAGAACACGCGACTCAATTACAAACAATACTGCCGAAATACTACT ATAACAGTCGAAACAGAAAGGAATTCGACAAACAGTACACTATCTACACT GCGCAATCATTGGATCATCCTTAATGAGTTATGGGGTAGTGCCGAAGTCG CGTGATGAAAAAG

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000660:12114..27576+

>Blg00042.1 ID=Blg00042.1|Name=Blg00042.1|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=396bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000660:12114..27576+ (Branchiostoma lanceolatum)
ATGACACTTTCAATTTTTCAGGAGCAACCCGTGACAGGTGTTTGCCAAAC
AGGATGGACAGAGTATGGAAGTTTGTGCTACAAGAGAGGAGACAGTCCAG
AAACATGGAATCATGCTCAGCTAATCTGCAGGGAAAGACATGATGCAGAC
TTGCTCAGCATTTTATCAAGAGAAACATCCGAGTGGATCTCAGCATTTGT
GAACTGGGAGCCAGTTTGGATTGGACTGAATAATAAGGGTCAGCAGAGAC
AATGGGAGTGGACAACAGGGCAGTCTCTATCCTATACCAACTGGAAGACT
GGTCAGCCTGATTCAGACTCTGGAATGCAGCGCAATTGTGTGGTCATGAA
CCAACAACAGAAATGGAATGTCAGGAAGTGCCACCGAGGCAGTTAG
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00042.1Blg00042.1-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:12114..12814Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:12114..12814Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:19026..19110Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:19026..19110Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:23517..23602Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:23517..23602Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:26186..26350Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:26186..26350Branchiostoma lanceolatumexon
Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:27104..27576Blg00042.1-exon-Sc0000660-1570713199:27104..27576Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000660genomeSc0000660:12114..27576 +
Properties
Property NameValue
GeneIDBlg00042