BlTCONS00113578 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlTCONS00113578
Unique NameBlTCONS00113578
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000229:265884..277547-

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>BlTCONS00113578 ID=BlTCONS00113578|Name=BlTCONS00113578|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=11664bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000229:265884..277547- (Branchiostoma lanceolatum)
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CAGCTTTACTTAGTATTTTCATATTCCTTCACTCAGCATCTGATCCATAT ATATGGCCTCCGTCGGTCAGTATTGACCATGGTAAAATCCTAATTCACAA CAGTCCTACAGCATCGACTATGGCTAATCAGCCCTATACGAGAATGGCAG TCTCTGCCACAAAAATCACATCTGTAAGCTGACTCAGTTCTGTTGCAAAG CTCTTTTCTGTGGATCTGCTTTTCTGATCCACTGCATAGTTAACCATGTT TGTCACAGAAATAACCAACCACTGTTTCTACCTCACACAGAGACTGAGCC TGACCTGGCAGGGTCGCTGTCCCCCCCGCGGAACAACGTGCTGTCTCCCA CCCGCTCGTCCTTCCCGAAGCATGTCCATACAGTCATGGACGACAAGTTC AAGGAGATCGCCAACGACCTGTTCAAGCGAAGTCGCCACGAGTCGGAGAC CTTCCACCCGGACCTCACGGCGCCGTACGAGTACCCCGACCAGTGTCCTC TGGAGTCGGAGGACGAGAAGAAGAAGCGTCTGGAGCGACAGATGAGCCAG TGCAACGATGTTAAGATTAAGTTTAAGTGAGTGGCAGTGCCCTTCCCTGG AGTTTCACAGGCTGTAGCAAGTTGGATCACTCGTAATGAAGTGGAGAGTA AAATTGGAACATTCAAAACAAGAGCATATTAATTATTATACCTAAGAGCC TCCTTGGTTGAACCCATGAGGGACATGAAATGAAGTGTCTACAATACAAA TAATTCTAGTCCTAATCCAGGCATGGTGGTACGATGACATGGCATGGGGT GCTACCACAAGAAAACAATGGAAGAAGAAAAACCTATTTTACCGTACCAC TGCACCAAAAATAGGTGACCATTGTTGGAAAGAATTTAGCATCATTTCCT TTGAATGACAGGTATTGTACAGGAGGACTCATTATCCTTACAAACAAAGA AATTCTGTACAACCCTGTCCATTACATGGAAATCAGTTCAATAGCTTTCT CTTGACTGAGTCTTACAAAATGAGAGAATATAAAGAAGGAATGATTTTCA TTAAAAAACTACTTGTACATCAGAAGAAAATTTTCTTAATATTTTTAGTG GAATTACCCCAAAATAACACATCTTTTTCAAAATTTGTGTTGTTGTGGAC ATATACATGCAACAGTTTAAGACATTGGGCTAAGCCTGCATTCCTGATAA AGACAAATGTGATCTGTTAGCTATGAGTAAACATCATGAGTGTTCCAGCC TTGCTCAGCCTGACAACCCTGGGCATTGTGACCTGCCTAACCTGTGTGCA GTGCTGCCTTACACTAACCCTCAGTTTGATGTGTTCTTATCCCTCTCACT ATATCTTCTCAGCCACTTTACTTGTCGTCCCTAGCAGGTTGGGTTAGGTA TAAACAAATAGAATCATCAGGACCATGGAAATTTAAAATGCTATAAATTC AAGTACATGTACATATATCAAATTTTACCACTCATTTTGACTGGGCTGTC AAAGACCTGGTCTTCTTGAAAACAGCCTATTTGTAGTCTAGTCGAAATTT ATTCGGAAAGATAAACAATATTTAGGTTTGAAAAACTTATTTTGGTATCC TCATGGAAAATTGCATGAAAAGGACTTTCAGACCAAAAAAAATGTACTGA TGTGTTAAGATAGTGTTAACTTAAACATATGAAATATGAATAATGCATTG CAGATTGTACAATCATGTACTACATCGTAATTGTTAATTGTATTAGACAG GATTGTCATAAATCGCCTAGTAGTACACACGACAAGCTGAAAAAATTTCT GGTGACTGAAATTTTCCATGTTGTTTCCCCTACCACTACTTGCATGCCAT GATTTGCTGTGTGCTGTACAGGGGTTTGGATGGAAGGTAAGAAACAGACA 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GTGTGGACTAACTTTGCGGTGTGTTTTCCTCCTCCTATCACTCCCCCTCC CCTCCTCAACATCTGAAGGTACGACAATAATGACAGGGAAGCTAGAACTA CCCGCAAACTGAAACTCAAAGATTTACAAGAGTGAGTGCCTGATTCCTTA TCATAGAGGACAGATAATTAGAATACTTTTACAGGTAATGAAAGATCTGA AGAAGTAACATATAGATAACTCTTCTAATGCAACTGAAGTCTATTTATAC ATTTTTAAGTTATACTTTACTAGGTACAGTTAGATTTTCAGTCTAACATA TTATCTATGTTCTTATCAATGCTTACATCAGGGAGCAGATGTACAAGTCC ACTAATGCTTTTGTTATAATAGAGACTTGTCCTGGTGACAATCCCATGCA AAACTAATGCTACATATGTATAAACAAATGATTATGAATGGACAGGATTA TACTATGGGGCCTGGCTAGATTTCTAGAAAGAAGGTTTCTGTTTTCCTCA TCAAAGCCTACCTCTTCCATTTTTGTGCCCTTTTTAGATTTTGCCTTTTT CTCAAATTGCAGATAATCTGTGCTAATATTAAGTCTGAATCATAGTAAAA TAAATCTGTTAAAATAGACAGGCACCAATGGATACAAACCAAAATGGGGC CACCTAACCAAAGATGTAATCAATTATTTGATACCTTATTAAGTTATCTA TTTCATACTTATTCATGTGCACACCTTGTAATCTGGAGAAATTATTCCAT ACTTTTAGAACGACCATGTGCATAAAAAAGGGCCAATTTCCTATAATTGC ATGTTCTGCATGTTACCATGGTGTTCCATATGGAGCAGAAGGAAGCACAG TACTTGTGGGAAAGACTGTATCTGCTCGCCCGCCTTTTCTATAGAAACAG TAACATATGGTCTGGTATTTTAGAATCTGCTGTCACGGTACAGTCATTGC AAATCAAGCGCATCAACATCTTAAAAATCTTAACATGTTGAAAATCATGT GTCTGTGACAGAGACACTGCAAACATTTAGTGATTATTTAAAATGACCAG TTTCATAATGTTCTAGACATTTTGTAATTTGAGCCATACCTTTACAACCC GGCCCAACTTATGAATATGTCTACGGAGTTTCATAGATTCTTATTGGATC CAGCCATCTGACACCTGTTTTTTTAGACCAATGTTGAAACAGATTATTGA AGGTCAGGTACCTCCTAGATGCTGAGAACCTAACCACATGTAAAATTGCA TGCAAAAAGTGCTAACCCAGCTTGTACACTAGAGGTGAAATTTGTTTGGT TACTAAATTTTTGAATTTTTCTGCGTATGTGGTACATGTAGTGTTATAGG AATGTTTAGTATGAGCTGCTATTTCAGTTCTAACGTAACTATGGATTGTG TACATGAATAAGTGCCCTTTGTTGCTTTCACCCAAAGGGCATTTGGCATT AGTTGTGCACTTTATGAGTTATACCTGGGTCTCTGTAGTGGCCAGGTAAG CCCATAATACCTGGTACTGCACCTGGCGAATCACTTAAAGTGACAGTGAT CAGTGCAGCCATTAACACCCCAGAGTCTCCCAGTAAGCTATCTGTGCACG TTAGTCCCAATGGAGCTGACAGTAATTCTTTCATTTTGAAACACAAAGTG GTTTTCCATCCCATCTAGAGCCTTCAGTAATGTTATGCACATTTGTACTG TATAGGCAACTGGAGAGGCAAACATCAAATGCAAAAGTCTTTGGAAGTTT AACTGTCACTTGTACTGTGTCTATTAGTACAATTATGTAAATACTGCTCT TCCAGATAAGGCTATTGTAAATACAAAATGGTGCTCAGTTGTTCATAAAA TCTGGTAGATTGACATATTTAGCCCGCATGTACAGTATACGCTGCAGTCA GGTAGTTAAGCAAGCATTCACACCCATCCCCTTGTTGTGACAACACTTCC ATATTGAAAAGTGTGCATTTAAAAATCAATCCTTCTTGACCGTATTGTTC CCACCAGGCACCAACAGAATGTGAAATCCCCAACGTTCTTTGGGGCCACC TTGACGCCCGCAGAATTCACAAAGGAAGAGGAGGAGGTGTTGGGACAGTT CCAGAGAGTGTCCATCACTGGGGATGAAACCACTGGGGCAAGTCTTCTCA TTGGGAGTTTGAAC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000229:265884..277547-

>BlTCONS00113578 ID=BlTCONS00113578|Name=BlTCONS00113578|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=531bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000229:265884..277547- (Branchiostoma lanceolatum)
ATGGAGTTCCATAAATCGAGACCAAAGCTCATTCGGATGGCGAGCAGGGA
ACAAGAGACACAGACAGACAAACAAACTACTGGTACAGAGACTGAGCCTG
ACCTGGCAGGGTCGCTGTCCCCCCCGCGGAACAACGTGCTGTCTCCCACC
CGCTCGTCCTTCCCGAAGCATGTCCATACAGTCATGGACGACAAGTTCAA
GGAGATCGCCAACGACCTGTTCAAGCGAAGTCGCCACGAGTCGGAGACCT
TCCACCCGGACCTCACGGCGCCGTACGAGTACCCCGACCAGTGTCCTCTG
GAGTCGGAGGACGAGAAGAAGAAGCGTCTGGAGCGACAGATGAGCCAGTG
CAACGATGTTAAGATTAAGTTTAAGCACCAACAGAATGTGAAATCCCCAA
CGTTCTTTGGGGCCACCTTGACGCCCGCAGAATTCACAAAGGAAGAGGAG
GAGGTGTTGGGACAGTTCCAGAGAGTGTCCATCACTGGGGATGAAACCAC
TGGGGCAAGTCTTCTCATTGGGAGTTTGAAC
Gene-mRNA-Prot
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00113578BlTCONS00113578-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:276878..277547BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:276878..277547Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:270322..270607BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:270322..270607Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:265884..266040BlTCONS00113578-exon-Sc0000229-1564993656:265884..266040Branchiostoma lanceolatumexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000229genomeSc0000229:265884..277547 -
Properties
Property NameValue
GeneIDBlCUFF055717