BlTCONS00113330 (mRNA) - B. lanceolatum

Overview
NameBlTCONS00113330
Unique NameBlTCONS00113330
TypemRNA
OrganismBranchiostoma lanceolatum (Amphioxus)



Sequence
The following sequences are available for this feature:

mRNA from alignment at Sc0000228:286289..296401+

Legend: exonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>BlTCONS00113330 ID=BlTCONS00113330|Name=BlTCONS00113330|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=mRNA|length=10113bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000228:286289..296401+ (Branchiostoma lanceolatum)
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ATATTAGCAAGACCTGCTTTCTTTGAAGTCTATCAAGTAATACTATGTAG ATTCAACACCTAAAATCTAATATGGGACGTCTTTAAGTTGTTACTTTTTA TGTCACAGGTGAACCTGTATTCTGGGGCTCTGTTCATCGAGCAGTCCCTT GGGTGGAACATGTACCTATCTATCGCCATTTTACTCATCCTGACTGCCAT TGTGACTATCACAGGTTAGTGTGTGGCACTGTGTATAGTAGTCCAGTGTT CTGCTGCTGCAGTGGTCTAAACACCCTGCAGCTGCTGAATCAGTCTATCT TTATTCAATTCTCTCCACTATGTATATCCTACTCCAAACAATGTTTGCAT ATAACGATACTATCCTTTTTTACATTCAGTGAATTAGGCTTTGTCAATAA GGTTTGTATCTTTTCTCAAGAAGGTTATAACATTAAATGTTTGACCAATC TTTGTTGTTTTGGTTAATGTATCACTTAACTTTTTATCCTGAAGAAATTT GGAGATCTTGATGAAATTTAGGGTGTTGTCAGTTGAAATTTGGCAATCTC AGACTTTGTAGACGTGCAAGTATGGTATGTTATTTTACCTTCTTATGCAT GCCAAGTCCACACCTATTCTTTAGATGTAATGATGATAATTATTGTTATT GACGTGACAGGTGGTCTAGCTGCTGTCATCTACACAGACACTCTACAAGC CGTTCTCATGGTGCTGGGCGCTGTAGCACTCATGATTGTCAGTGAGTATC AGATACGATAAAAATCATTCTTAGGTGTCTTAATTTTCAAAGTATCAGCT ACTTTAAAGGGCCACGAGAACTTAGTTGTAAGGATAAATTGTTTGTAGCC TCAATTCTGATGTAAGTCAGTGCAAAGAAGAGTAAGACTGTCCCCTATAA AAGTACATGTATGTACTATAAATGATTTTAAAATAAGGAGAATTGGTATC TAAAGGATTACTATATGTGTAGTATCTAGGATTGGGGACGCAATATGGTG TAGTAATGGGTAATAATGTTATTCTTGCATTTGGAACGAGGAAAAAACAA GGAAATTAGACATATCCGCAGTAAGGTTGTCAGTTGTGATCTTTCTTGAA CCTTTAACTAATTATTCTTCTGCATCTCTAACCTCCTCAGGCTTGATTCG TGTTGGCGGATGGGGGGGTCTGAGAGAACAGTTTATGCAGGCCATGCCGA ACATCACTAAGGACTACATACATGCCCAACAGTTCAACCTCTCCATGGAC AACTACACGGAGCAGTACGGAAAGTGTGGCATCCCCTCTGATGACTCTTT TGTGTAAGACACGGAACTTTTTTTTCCTGGAGGATGAAATTTTGTCATTT GCTGATGTTGCATGAGAGATGATTTAACATCTTGTAGGAAGGGGGAACAA GTTGAAATGTATTGATTTTATAATATTTCCTCATACCGTCTGAATGACAG GCAACAGCTGGACAACTTCCGTGATACTGTAAATTCTTTTGGTTTTGCAG GGACTTATTTCGCAATAGAAGGGGAAAGGAGACCTAGGTTTTCCAGTGTT TTTTTTAAAAAGCTGTTCTGTTCTGTAGTACATTCATATTAGTTATAACA TATATTCTCGGTGTGTTGAATTCCCAATGGAGTGGTTACCACGAAAATAA AGCCACTACAAACGTTACAGTATATTACAGGGAAGACAAAATTGCTCAAA GAATTAATACAACATACATGCCAGGTGCATTGTGCTGAAAATTAGATTTT TTTAGTGCAATAAACAGATATGGATCCTCACAGCATTTCATACTTTTCTA AGAACTGCAACCCTTTTCAACAGCTTGAATTTGCTACGGGATAGCCACTG TTGTAAGCATACTAAGGCTAACAATATTGGATTTGAGGCTAGATGTAACA 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CCAAGTTGTCCCCATCCATTTCTCAAACCATTCCAAGCTCACAATCATGT ATTGTATGTGAGAATTGACTTGTATTTGACATTTTGATAAATAACATTCA AGGTTTTGTTGGAAATCGAAAATCAAATGCAGTCAAATCAAGATTTTCAC CGTCTTTCTCCTTACAGATCAGGTGGCCTGTGCTGACCCCACCACATGTC TGGAGGTGTGTGGGAACGCTCACGGCTGCACCAACATCGCCTACCCAAAA CTGGTGCTGGGGGTCATGCCAGTAGGTAAGTCATGTACTACATTCTAAAA ACTACTCGGGAACATATCGTTAAAAAAGTGGATTTATTGCGAACTAGTTT AGCTCACTGAAGATCTATATCTTCAGACAGATGATATATACATTTAACAT GTTCATTGTACCGGGTGAATTTCCGTGGTACCTTCAGTGAATTACTAAGG GACCACAGCTTTACATTCAACTTAAGGACTGTGATCCTTCCCAGTGTGTC GGGTGGGTGACTACAGCGGGGATTTCCTTGGGTGACTGCTAACAACCGGA CTACGGAGGCTAACTTTGAAACATGTTTGTAATGTTTTCAGGAGCTCGTG GCATCATGATGGC

Coding sequence (CDS) from alignment at Sc0000228:286289..296401+

>BlTCONS00113330 ID=BlTCONS00113330|Name=BlTCONS00113330|organism=Branchiostoma lanceolatum|type=CDS|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at Sc0000228:286289..296401+ (Branchiostoma lanceolatum)
AAAGGGAACAAAGAAGCAGGTATTTGGCAACACCTCCGGATACAGTCTTT
AGAAAAAGGCTGTGACTGTGAGGCCGACAAAATGGCGGTGGAGACCTTAG
ACGACCTGGATACCAGACTGGGCGCTGGCGACATTGTAGCCGTCATCGTC
TACTTCGTGGCTGTCGTTTGTGTTGGACTATGGGCGATGCGTCGCAGCAA
CCGCGGGACAGTCAGTGGGTTCTTCCTGGCTGGAAGAACGATGATCTGGC
TGCCGGTTGGTGCATCCTTATTTGTTTCCAACATCGGGAGTGAACACTTC
ATCGGACTGGCGGGATCGGGCGCAGCTGGCGGGATCGGAGTCGGGGCCTG
GGAGTTCAACGCCCTGATGTTACTACAGCTGCTGGGATGGATCTTTGTTC
CTGTCTACATCGCCTGTGGGACTACCACGATGCCCCAGTGGCTGCGGAAA
CGGTTTGGAGGTCAGCGCCTCCGCGTCATGTTTGCCGTCTTGTCTCTCGT
GCTGTATGTGATGATCAAGCTGTCGGTGAACCTGTATTCTGGGGCTCTGT
TCATCGAGCAGTCCCTTGGGTGGAACATGTACCTATCTATCGCCATTTTA
CTCATCCTGACTGCCATTGTGACTATCACAGGTGGTCTAGCTGCTGTCAT
CTACACAGACACTCTACAAGCCGTTCTCATGGTGCTGGGCGCTGTAGCAC
TCATGATTGTCAGCTTGATTCGTGTTGGCGGATGGGGGGGTCTGAGAGAA
CAGTTTATGCAGGCCATGCCGAACATCACTAAGGACTACATACATGCCCA
ACAGTTCAACCTCTCCATGGACAACTACACGGAGCAGTACGGAAAGTGTG
GCATCCCCTCTGATGACTCTTTTGTCATGCTGCGTGAGATCAACGACCCC
CAGATGCCATGGCTGGGTTTTCTACTGGGCCAGACCCCCGCTTCCATCTG
GTACTGGTGCACCGACCAGGTGATCGTACAGAGGGCCCTGGCAGCTAAGA
ACCTGGACCACGCCCGCGGGGCTACCCTGATGGCCGGCTTCATCAAGATC
CTCCCCATGTTCATGATGGTCGTTCCCGGGATGGTCAGCAGGATTCTCTT
CCCCAATCAGGTGGCCTGTGCTGACCCCACCACATGTCTGGAGGTGTGTG
GGAACGCTCACGGCTGCACCAACATCGCCTACCCAAAACTGGTGCTGGGG
GTCATGCCAGTAGGAGCTCGTGGCATCATGATG
Gene-mRNA-Prot
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:286289..286347BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:286289..286347Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:289534..289658BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:289534..289658Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:291670..291741BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:291670..291741Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292117..292221BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292117..292221Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292385..292444BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292385..292444Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292752..292856BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:292752..292856Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:293047..293152BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:293047..293152Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:293599..293679BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:293599..293679Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:294079..294241BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:294079..294241Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:294878..294971BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:294878..294971Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:295434..295569BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:295434..295569Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:295956..296063BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:295956..296063Branchiostoma lanceolatumexon
BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:296380..296401BlTCONS00113330-exon-Sc0000228-1564993656:296380..296401Branchiostoma lanceolatumexon
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Feature NameUnique NameSpeciesType
BlTCONS00113330BlTCONS00113330-proteinBranchiostoma lanceolatumpolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Sc0000228genomeSc0000228:286289..296401 +
Properties
Property NameValue
GeneIDBlCUFF055630